הקשר העמוק שבין מחילת העוונות לבין יראת שמים עומד במוקד הדברים. באופן פרדוקסלי, דווקא היכולת לסלוח היא זו שמעוררת באדם את היראה האמיתית, ולאו דווקא האיום בענישה בלתי מתפשרת.
המילה הסליחה מבטאת עקירה של החטא והעברתו כאילו לא היה קיים במציאות כלל, פעולה שרק ה' יכול לעשות [מלבי"ם]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים לביטוי כִּי עִמְּךָ הַסְּלִיחָה היא שה' שמר את כוח המחילה אך ורק לעצמו, ולא מסר אותו לאף שליח או מלאך, למרות שניתנה לעליונים שליטה על עניינים אחרים בעולם [רש"י, רד"ק, מצודת דוד, מאירי]. הסיבה לכך היא לְמַעַן תִּוָּרֵא, מילה הנגזרת משורש מורא ופחד [מצודת ציון]. אילו המלאכים היו מוסמכים לסלוח, בני האדם היו מנסים לפייס אותם במחשבה שהם יוותרו בקלות, וכך הייתה מתמעטת יראת ה'. כאשר הסליחה נמצאת רק אצל ה', האדם מבין שעליו לירא ממנו בלבד [רש"י, רד"ק, מצודת דוד]. יתרה מכך, בניגוד למחילה בין בני אדם התלויה בחוטא עצמו ובניסיונו לרצות את הנפגע, הסליחה האלוהית נובעת מעצם מהותו של ה', שכן העולם אינו יכול להתקיים ללא מידת הרחמים [מלבי"ם].
הפרשנים מציגים שני כיוונים עיקריים להסבר הקשר בין הסליחה לבין היראה. הגישה הבולטת מסבירה כי טבע האדם מוביל אותו לחטוא, ואלמלא הייתה קיימת אפשרות של סליחה, החוטא היה נואש ומרגיש שאין לו תקנה. ייאוש זה היה מוביל אותו לפרוק עול, לעשות ככל העולה על רוחו ולהידרדר לעבירות נוספות. דווקא ההבטחה שיש מחילה היא זו שמעודדת את החוטאים לחזור בתשובה, להיזהר ממעשים רעים ולהמשיך לירא מה' [אבן עזרא, מאירי, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש המבארים כי בעוד שמלך בשר ודם מבסס את היראה כלפיו באמצעות ענישה נוקשה ואינו ממהר לסלוח, היראה כלפי ה' נובעת מרוממותו וגדולתו, ואלו מתגלות ומתעצמות דווקא כאשר הוא מוחל וסולח [מלבי"ם].
בשונה מכל ההסברים הללו הרואים בסליחה גורם המביא ליראה, ישנה תפיסה ייחודית המפרשת את המילים באופן הפוך. לפי תפיסה זו, הסליחה כעת מעוכבת ומוחזקת אצל ה' ואינה ניתנת לאדם, וזאת משום שאין באדם את יראת השמים הראויה המהווה תנאי לקבלת המחילה [אלשיך].