ההגעה למדרגת קדושה אינה מתרחשת מאליה, אלא מותנית בתהליך עמוק ויסודי של היטהרות מוסרית ורוחנית. הפיכתם של הנותרים בירושלים לקדושים תתממש רק לאחר שה' ינקה את העם מהשחיתות העמוקה שדבקה בו.
המילה אִם מתפרשת בקרב רוב הפרשנים במשמעות של "כאשר" או "אחר אשר" [שד"ל], והיא קושרת את הכתוב לנאמר לפניו: הנותרים יזכו להיקרא קדושים רק כאשר ה' יטהר אותם. הפעולה מתוארת בלשון עבר, רָחַץ, אך מכוונת לעתיד, כדרכן של נבואות רבות [רד"ק]. ה' מתואר כמי שמנקה את עמו, בדומה לאב המסיר את הלכלוך מילדיו [ביאור שטיינזלץ], אך פעולה זו נעשית מתוך מידת הדין והמשפט, כפי שנרמז בשימוש בשם אֲדֹנָי [חומת אנך].
הכתוב מציג הקבלה כפולה בין סוגי החטאים לבין אופן ניקויים: מצד אחד צֹאַת בְּנוֹת צִיּוֹן שאותה ה' רָחַץ, ומצד שני דְּמֵי יְרוּשָׁלִַם שאותם הוא יָדִיחַ. המילה צֹאַת מתארת זוהמה גופנית ועבירות מגונות [מצודת ציון, שד"ל]. אף שהפסוק נוקב בשמן של "בנות ציון" בהמשך לביקורת קודמת, הכוונה היא למעשים הרעים של האומה כולה [שד"ל]. באשר לביטוי וְאֶת דְּמֵי יְרוּשָׁלִַם, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בדם נקיים שנשפך בעוון רציחה ופשע. לעומת זאת, שד"ל חולק על כך וטוען כי אין מדובר בשפיכות דמים, אלא בהמשך הדימוי של ירושלים לאישה, והכוונה היא לטומאת דם הנידה שיש לשטוף מקרבה.
ההבדל בין הפעלים רָחַץ ו־יָדִיחַ אינו מקרי. המלבי"ם מסביר כי רחיצה היא שטיפה קלה המיועדת להסרת לכלוך כדוגמת צואה, והיא מכוונת כלפי עוון הניאוף שקל יותר להסירו. לעומת זאת, הדחה היא שפשוף חזק של דבר שהתייבש ונדבק, והיא נדרשת כדי למרק את עוון הרציחה החמור. חומת אנך מציע חלוקה שונה: הצואה מסמלת חטאים חיצוניים שכבר התגלו, בעוד שהדמים מסמלים חטאים פנימיים שטרם נחשפו.
תהליך הטיהור מתבצע בשני שלבים: בְּרוּחַ מִשְׁפָּט וּבְרוּחַ בָּעֵר. המילה "רוח" מתפרשת כרצון וגזירה של ה' [רש"י], או כדימוי לרוח חזקה המייבשת את לחלוחית החטא [רד"ק, מצודת דוד]. בשלב הראשון, בְּרוּחַ מִשְׁפָּט, ה' שופט את העם באמצעות ייסורים. המלבי"ם מדגיש כי אין מדובר בהרס עיוור וכללי, אלא במשפט מדויק המבחין בין טהור לטמא ובורר את הרשעים. לאחר שהמשפט מעריך את המצב, מגיע השלב השני, וּבְרוּחַ בָּעֵר. מילה זו נגזרת מלשון ביעור ופינוי, ומשמעותה שלאחר בירור הרשעים, ה' ישתמש בעונשים חמורים כדי לבער אותם לחלוטין מן העולם, ולא ישאיר מהרע כל זכר [אבן עזרא, רד"ק, ביאור שטיינזלץ].