טבעו של האדם מגביל את יכולתו להגיע לשלמות רוחנית מוחלטת. גם כאשר קיימים רצון כן וזהירות מרובה לקיים את מצוות ה', אי אפשר להימנע לחלוטין מטעויות בשל קוצר ההבנה האנושית. מתוך הכרה זו, עולה בקשה לחסד ולכפרה מאת ה' על אותם חטאים שנעשו ללא כוונה או מודעות.
הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהמילים שְׁגִיאוֹת מִי יָבִין מבטאות את חוסר היכולת האנושית להימנע משגגות. למרות שאדם משתדל להיזהר בכל מאודו, אין מי שיכול לדעת ולהבין הכול, ולכן טעויות הן בלתי נמנעות [רש"י, רד"ק, אבן עזרא]. לעיתים קרובות אדם פועל מתוך מחשבה שאין כל רע במעשיו, ואינו מודע כלל לכך שהוא שוגה, משום שמהות הדבר נסתרת ממנו [ביאור שטיינזלץ, מצודת דוד].
מתוך הבנה זו מגיעה הבקשה מִנִּסְתָּרוֹת נַקֵּנִי – מאחר שהחטאים נסתרו מעיניו של האדם והוא לא היה מודע להם, הוא מבקש מה' שינקה אותו ויסלח לו, ולא יעניש אותו עליהם [רש"י, רד"ק]. על פי המדרש, בקשה זו היא חלק ממהלך רחב יותר של דוד המלך, שביקש מה' מחילה גורפת על שגיאות, על חטאים נסתרים, על חטאים במזיד, ואף ביקש שחטאיו לא ייכתבו כלל לדורות. ה' אומנם סלח לו על חטאיו, אך סירב להיענות לבקשה למחוק את רישום החטא מן הכתובים [תורה תמימה].
קיימת מחלוקת בין הפרשנים באשר להבדל המדויק בין שְׁגִיאוֹת לבין נִסְתָּרוֹת. יש מי שסובר כי אין הבדל של ממש בין המונחים, ושניהם כוללים יחד את כל סוגי השגגות – בין אם מדובר בטעות במעשה ובין אם בחוסר ידיעה של הדין [מאירי].
לעומת זאת, פרשנים אחרים מזהים כאן חלוקה מדוקדקת לשני סוגים שונים של חטאים בשוגג, אך הם חלוקים ביניהם על הגדרתם. גישה אחת מפרשת כי שְׁגִיאוֹת הן טעויות במציאות, כאשר האדם יודע את ההלכה אך שוגה ביישום (למשל, שוכח שהיום שבת), ואילו נִסְתָּרוֹת מתייחסות לחוסר ידיעה של הדין עצמו, כלומר שההלכה הייתה נסתרת ממנו לחלוטין [אלשיך]. מנגד, גישה הפוכה טוענת כי דווקא שְׁגִיאוֹת הן טעויות עיוניות ושכליות, שבהן האדם מנתח לא נכון את הדין וחושב בטעות שהאסור הוא מותר, בעוד שנִסְתָּרוֹת הן השגגות המעשיות שבהן האדם מחליף בטעות בין חפץ מותר לחפץ אסור [מלבי"ם].