הנהגת ה' עם גדולי מנהיגי ישראל משלבת בתוכה חסד עצום לצד מידת הדין המדויקת. כאשר משה, אהרן ושמואל היו מתפללים בעד העם, אַתָּה עֲנִיתָם – ה' בעצמו היה נענה להם ישירות, ולא על ידי מלאך, שכן למלאך אין סמכות למחול על חטאים כפי שעשה ה' [אלשיך]. רוב הפרשנים מסכימים כי המילים אֵל נֹשֵׂא הָיִיתָ לָהֶם אינן מתייחסות לסליחה למנהיגים עצמם, אלא לכך שה' היה סולח ונושא את עוון עם ישראל כולו בזכותם ובעבורם.
המילה עֲלִילוֹתָם פירושה מעשיהם [מצודת ציון], אך ביחס למילים וְנֹקֵם עַל עֲלִילוֹתָם קיימת מחלוקת עקרונית בין הפרשנים למי מכוונת נקימה זו.
גישה אחת גורסת כי ה' נפרע ממעשיהם של המנהיגים עצמם. למרות שה' שמע לתפילתם וסלח לעם בזכותם, הוא לא ויתר להם על חטאיהם האישיים. כך, משה ואהרן נענשו על חטא מי מריבה, ושמואל נענש על כך שלא הדריך את בניו בדרך טובה. הנהגה זו מדגישה את קדושתו וצדקתו המוחלטת של ה', שאינו נושא פנים ודן את צדיקיו בדקדוק רב [רש"י, ביאור שטיינזלץ, מצודת דוד].
לעומת זאת, גישה שניה מפרשת כי הנקימה לא הייתה במנהיגים, אלא באלו שקמו נגדם והרעו להם. לפי פירוש זה, ה' נקם את נקמתם של משה ואהרן והעניש בחומרה את קורח ועדתו, וכן נענה לשמואל בדרך של נקימה כשהוריד קולות ומטר כדי להוכיח את העם. בכך הראה ה' את השגחתו, תמיכתו והגנתו על משרתיו הנאמנים מפני אויביהם [רד"ק, אבן עזרא, אלשיך, מאירי].