עיר המקלט אינה משמשת רק כמקום מחסה אוטומטי, אלא מהווה חלק מהליך משפטי מסודר בעל שני שלבים עיקריים: שהות זמנית עד לבירור הדין, וגלות ממושכת שסיומה תלוי באירוע לאומי.
תחילה, הרוצח נס אל העיר ומקבל בה מקלט לפי שעה על סמך טענתו כי ההריגה נעשתה בשגגה. אולם, הוא אינו יכול להישאר שם ללא בירור, ועליו להמתין עַד עָמְדוֹ לִפְנֵי הָעֵדָה לַמִּשְׁפָּט. המילה עדה מכוונת לנציגי הציבור והדיינים. בית הדין שולח להביאו מן העיר כדי לברר את נסיבות המקרה לאשורן [רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. במשפט זה ייתכנו כמה תוצאות: אם יתברר שרצח במזיד, הוא יומת; אם יימצא זכאי, הוא יופטר מן הגלות; אך אם יוכח שאכן רצח בשגגה, הוא יחויב בגלות ויוחזר אל עיר המקלט [רש"י, רד"ק, מצודת דוד]. הפסוק מדלג על האפשרות של עונש מוות ומתמקד באפשרויות הפוטרות את האדם מן הגלות – בין אם על ידי זיכוי במשפט ובין אם על ידי המתנה לסיום התקופה [חומת אנך].
משך זמן הגלות אינו קצוב בשנים, אלא נמשך עַד מוֹת הַכֹּהֵן הַגָּדוֹל. הפרשנים מציעים מספר טעמים לקשר שבין שחרור הרוצח למותו של הכהן. גישה אחת מסבירה כי מיתתו של הכהן הגדול מכפרת על עם ישראל כולו, ובתוך כך מכפרת גם על חטאו של הרוצח בשגגה [חומת אנך]. גישה אחרת מציגה ניגוד מהותי בין השניים: הרוצח מקצר את ימיו של האדם, מטמא את הארץ ומסלק ממנה את השכינה, בעוד שהכהן הגדול מאריך ימים, מטהר את העם וגורם לשכינה לשרות בארץ. בשל ניגוד קוטבי זה, אין זה דין שהרוצח יתקיים במרחב הציבורי כל עוד הכהן הגדול בחייו [רד"ק].
המילה אָז מציינת את הרגע שאחרי מות הכהן הגדול [מצודת דוד]. רק בנקודת זמן זו, המהווה את סוף תקופת הגלות, רשאי הרוצח לעזוב את עיר המקלט ולשוב בבטחה אל עירו המקורית ואל ביתו [ביאור שטיינזלץ].