לאחר סיום חלוקת הארץ לשבטים, ה׳ פונה ליהושע ומצווה עליו ועל בני ישראל להקצות את ערי המקלט. ערים אלו נועדו לשמש מקום מנוס עבור אדם שהרג נפש בשגגה, כדי להגן עליו מפני נקמת הדם [אברבנאל].
הפנייה האלוהית נפתחת במילה וַיְדַבֵּר. לאורך כל ספר יהושע, הביטוי השגור הוא "ויאמר ה'", ואילו כאן נעשה שימוש חריג בפועל זה. לשון דיבור מבטאת שפה קשה, תקיפה ועזה יותר מאשר אמירה. הסיבה לשימוש בלשון עזה דווקא בפרשיית הרוצחים היא כדי להדגיש שמדובר בציווי מהותי ויסודי מן התורה שיש להקפיד על קיומו [מנחת שי].
הציווי מפרט את תהליך הקליטה בערי המקלט: מיד לאחר ההריגה, על ההורג לנוס אל אחת הערים, לעמוד בפתח שער העיר ולספר את קורותיו. על אנשי העיר לאסוף אותו אליהם ולהגן עליו מפני גואל הדם הרודף אחריו, וזאת עוד בטרם ביררו אם דבריו כנים והוא אכן הרג בשגגה. שהותו של הרוצח בעיר המקלט תחומה בשני גבולות זמן. הגבול הראשון הוא העמדתו למשפט בפני העדה, במקרה שגואל הדם דורש זאת בטענה שההריגה הייתה מכוונת. אם בית הדין מוצא אותו חייב מיתה, הוא נענש, אך אם מתברר שחייב בגלות משום שהרג בשגגה, הוא מוחזר לעיר המקלט. הגבול השני לשהותו בעיר הוא עד מות הכהן הגדול המכהן באותם ימים [אברבנאל].