מערכת ערי המקלט נועדה לעצור מעגלים של שפיכות דמים, ולהעניק מחסה מיידי לאדם שהרג בשוגג מפני זעמם של קרובי המשפחה של ההרוג. יישום מעשי זה המובא בספר יהושע, מוסיף פרטים על ביצוע המצווה שלא הופיעו במפורש בתורה [ביאור שטיינזלץ].
הפרשנים מסבירים את מילות הפסוק: משמעות המילה לָנוּס היא לברוח, ואילו המילים בִּשְׁגָגָה בִּבְלִי דָעַת מבהירות שהמעשה נעשה ללא כל כוונה [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. מטרת הערים היא להיות לְמִקְלָט, כלומר לקלוט ולהגן על הרוצח כדי שגואל הדם לא יהרוג אותו בלהט הרגע, כאשר ליבו חם עליו [מצודת דוד]. אותו גֹּאֵל הַדָּם הוא בדרך כלל קרובו של הנרצח [ביאור שטיינזלץ], והתואר "גואל" נובע מכך שפעולת הנקמה נחשבת כמעין גאולה עבור הנרצח [מצודת ציון].
הכפילות בפסוק, המציין גם בִּשְׁגָגָה וגם בִּבְלִי דָעַת, אינה מקרית. היא באה לאחד שני ביטויים שונים שהופיעו בתורה בשני מקומות נפרדים, כדי לדייק את ההלכה: המילה "בשגגה" באה להוציא מכלל זה רוצח במזיד שאינו זכאי למקלט, והמילים "בבלי דעת" באות להוציא אדם שהתכוון להרוג אך פגע באדם אחר בטעות [מלבי"ם].
באשר לאופן פעולתן של הערים, המילים וְהָיוּ לָכֶם לְמִקְלָט מלמדות על מספר הלכות ייחודיות. ראשית, כל שש הערים, הן אלו שבעבר הירדן והן אלו שבארץ ישראל, משמשות כמקלט לכל אדם באופן שווה, ללא קשר למקום מגוריו. שנית, במקרה נדיר שבו אדם הרג בשוגג בתוך עיר המקלט עצמה, העיר עדיין קולטת אותו, אך עליו לגלות משכונה אחת לשכונה אחרת בתוכה. מעבר לכך, טמון כאן תנאי משפטי מהותי: אף אחת מערי המקלט, כולל השלוש שכבר הבדיל משה בעבר הירדן, אינה יכולה לתפקד ולקלוט רוצחים עד שכל שש הערים יופרשו ויוגדרו רשמית למטרה זו [חומת אנך].