הקצאת ערי המקלט בארץ כנען יוצרת פריסה גיאוגרפית מאוזנת של מקומות מפלט עבור רוצחים בשגגה. הערים שנבחרו מחלקות את הארץ לשלושה חלקים שווים פחות או יותר [ביאור שטיינזלץ]. הפעולה וַיַּקְדִּשׁוּ משמעותה שהם הזמינו וייעדו את הערים הללו למטרת מקלט [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ], כאשר הציון בַּגָּלִיל מתייחס לשם של מחוז או מדינה בארץ ישראל [מצודת ציון].
חלוקה זו מעוררת שאלה מהותית בקרב הפרשנים: מדוע תשעה וחצי השבטים שבארץ כנען קיבלו שלוש ערי מקלט בלבד, מספר זהה לזה שקיבלו שניים וחצי השבטים שבעבר הירדן המזרחי? שאלה זו מתחדדת לאור העובדה שהערים שהבדיל משה בעבר הירדן לא קלטו רוצחים בפועל עד שיהושע השלים את ייעוד הערים בארץ כנען, ולכן המערך כולו נידון יחד [אברבנאל].
גישה מדרשית אחת מסבירה כי תושבי עבר הירדן היו נגועים יותר בשפיכות דמים ולכן נזקקו ליותר ערי מקלט. ואולם, הסבר זה נדחה בטענה שערי המקלט נועדו מלכתחילה רק לרוצחים בשגגה ולא למזידים [אברבנאל].
ההסבר המרכזי והרווח מתבסס על חישוב כולל של ערי הלויים. הפרשנים מסבירים כי כל ארבעים ושמונה ערי הלויים שימשו גם הן כערי מקלט. בחלוקה שוויונית של ארבעים ושמונה ערים לשנים עשר שבטים, כל שבט אמור לקבל ארבע ערים. ואכן, שניים וחצי השבטים בעבר הירדן קיבלו בדיוק עשר ערים בסך הכל: שלוש ערי מקלט מובהקות ועוד שבע ערי לויים. הסיבה לכך שרוב ערי הלויים הרגילות מוקמו בארץ כנען ולא בעבר הירדן היא הקרבה לבית ה' והתאמתן לעבודת הקודש של הלויים [מלבי"ם, אברבנאל].
סיבה נוספת לפרופורציה זו קשורה לממדים הגיאוגרפיים. שטחי עבר הירדן היו עצומים בגודלם וכללו ארצות רבות תחת שלטונם של סיחון ועוג. זאת בניגוד לארץ כנען, שהייתה מחולקת לממלכות זעירות שבהן כמעט כל עיר נחשבה לממלכה בפני עצמה. הגודל העצום של טריטוריית עבר הירדן הצדיק הצבת שלוש ערי מקלט בשטחו, גם אם התגוררו בו פחות שבטים [אברבנאל].
לבסוף, בחירתה של חֶבְרוֹן לעיר מקלט ולעיר לויים מעלה סתירה לכאורה, שכן מוקדם יותר נאמר שהעיר ניתנה לנחלה לכלב בן יפונה. הפתרון לכך הוא שהלויים קיבלו רק את העיר עצמה ואת המגרשים הסמוכים לה, בעוד שהשדות והחצרות החקלאיות שסביבה נשארו באחוזתו של כלב, שככל הנראה קיבל משבט יהודה פיצוי אחר תמורת העיר שמסר [אברבנאל].