כאן מתרחש מעבר חד מתיאור המבקרים אל תחינתו האישית של החולה עצמו. כשהוא שוכב על ערש דווי, נטול מבקרים הדורשים את טובתו, ומוקף באויבים השמחים לאידו ומייחלים למותו, הוא פונה אל ה׳ בבקשת חנינה ורחמים [רש"י, רד"ק].
במוקד תפילתו עומדת הבקשה רְפָאָה נַפְשִׁי. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהבחירה לבקש על רפואת הנפש ולא על רפואת הגוף אינה מקרית, והיא נובעת מההבנה שהחטא הוא למעשה מחלה רוחנית. היות שעוונותיו של האדם הם הסיבה לחוליו הפיזי, הרי שמחילת החטאים היא התרופה האמיתית. ברגע שהנפש תירפא ותזכה לכפרה, תבוא ממילא גם רפואת הגוף [רד"ק, מצודת דוד]. מתוך כך, החולי משמש כקריאת השכמה המעוררת את האדם למקד את מחשבותיו בהצלת נפשו ובחיי הנצח, ולא רק בהישרדותו הפיזית [מאירי].
רובד נוסף מבחין בין החומר לרוח: הגוף החומרי הוא שנמשך אחר התאוות וחטא, ואילו הנפש כשלעצמה נותרה קדושה, אך הוכתמה בעטיו של הגוף. לכן, החולה אינו מעז לדרוש את רפואת גופו בדין, אלא מבקש שהייסורים ימרקו וינקו את נפשו, ואת רפואת הגוף הוא מבקש רק כחסד חינם [אלשיך]. מנגד, יש מי שמפרש את הבקשה לרפואת הנפש כפשוטה – תפילה להצלת החיים ולרפואת הגוף עצמו ממחלתו [מאירי].
את סיום הפסוק, כִּי חָטָאתִי לָךְ, ניתן להבין בשתי דרכים עיקריות. הגישה הראשונה רואה בכך סיבה ותוצאה: מכיוון שחטאתי, אני זקוק לסליחתך ולתפילה שהיא רפואת הנפש [מצודת דוד, מאירי]. הגישה השנייה מפרשת את המילה כִּי במשמעות של "אף על פי". כלומר, האדם מכיר באשמתו ובידיעה שראוי לו להיענש, ובכל זאת הוא מתחנן לחנינה ולרפואה מאת ה׳ – רפא אותי אף על פי שחטאתי לך [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ, מאירי].