התשובה לשאלת מקומו של הדוד חושפת קשר אינטימי בין העליונים לתחתונים, במעבר פיוטי מתיאור של טבע גשמי אל מציאות רוחנית עמוקה. ברובד הפשטני, הדוד יורד אל מקום יפהפה ומלא ניחוחות כדי לִרְעוֹת – כלומר לרעות את צאנו [מצודת ציון], ולקטוף פרחים [ביאור שטיינזלץ, אבן עזרא]. הדוד אינו מגיע אל כל חלקי הגן, אלא פונה ישירות אל רעייתו, היא ערוגת הבושם שלו, כדי ללקוט את אהבתה [מלבי"ם].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהפסוק מהווה משל ליחסים שבין ה' לעמו. "הדוד" הוא ה', וירידתו אל הגן מסמלת את השראת השכינה בעולם. המילים לְגַנּוֹ ולַעֲרֻגוֹת הַבֹּשֶׂם מכוונות אל בית המקדש ואל מקום מזבח הקטורת [רש"י, שפתי חכמים]. עם זאת, הפסוק עובר מיד ללשון רבים – לִרְעוֹת בַּגַּנִּים. הפרשנים מסכימים כי גנים אלו מסמלים את בתי הכנסיות ובתי המדרשות הפזורים בגלות, שבהם ה' ממשיך להשרות את שכינתו ולשמוח במעשי עמו [רש"י, ספורנו, אלשיך, מצודת דוד, תורה תמימה].
ביחס למילים וְלִלְקֹט שׁוֹשַׁנִּים, מתפצלים הפרשנים לשני כיוונים רעיוניים מרכזיים. הכיוון הראשון רואה בכך פעולה של איסוף זכויות. ה' מקשיב ללומדי התורה ולמתפללים, לוקט את זכויותיהם ורושם אותן לפניו בספר זיכרון כדי לשלם להם שכר טוב [רש"י, מצודת דוד].
הכיוון השני, המופיע רבות בפרשנות, קושר את לקיטת השושנים להסתלקותם של צדיקים מן העולם [תורה תמימה, צרור המור, מלבי"ם, אלשיך, חומת אנך, אבן עזרא]. על פי גישה זו, ה' יורד לעולם ובוחר את הנשמות הקדושות והזכות ביותר. פטירת הצדיקים מתוארת כפעולה עדינה של הרחת שושנה, שבה ה' שואב את נשמת הצדיק אליו ב"מיתת נשיקה" ואוסף אותה לגנזיו [אלשיך, מלבי"ם]. אף שסילוק הצדיקים נתפס לעיתים כייסורים וכמכה קשה, מטרתו היא לעורר את העם לתשובה ולכפרה [צרור המור, חומת אנך].
לצד כיוונים אלו, קיימות נקודות מבט נוספות המרחיבות את משמעות הפסוק. גישה אחת מפרשת כי ה"גנים" הם אומות העולם, וה"שושנים" הם חסידי אומות העולם (כדוגמת יתרו ורחב) שה' מלקט מתוכם ומדביק אל עם ישראל [תורה תמימה]. במישור הפילוסופי, הגן והבושם משולים לשכל ולמושכלות, ולקיטת השושנים היא איסוף של חוויות חושיות המסייעות לאדם להשיג הבנה רוחנית גבוהה של הבורא [רלב"ג]. מהזווית המיסטית, הפסוק מתאר תהליך של המשכת שפע, חכמה ואור אלוהי אל העולם דווקא בימי הגלות, תוך משיכת הנשמות ממקורות הרע אל מקום קדושתן [עזרא בן שלמה].