מערכת המשפט נדרשת לאזן בין סערת הרגשות של משפחת הקורבן לבין קיום הליך חוקי וסדור. כאשר מתרחש רצח, התגובה הראשונית של הפוגע היא מנוסה לעיר מקלט, אך החוק מוודא שרוצח בזדון לא יוכל לנצל מקום מחסה זה כדי לחמוק מן הדין.
בתחילת התהליך, כל רוצח, בין אם פעל בשוגג ובין אם במזיד, נמלט תחילה לעיר המקלט [תורה תמימה, אדרת אליהו]. לאחר מכן, וְשָׁלְחוּ זִקְנֵי עִירוֹ וְלָקְחוּ אֹתוֹ מִשָּׁם – בית הדין שולח נציגים כדי להביאו למשפט [שטיינזלץ]. מכאן נלמד כי לגואל הדם, קרובו של הנרצח, אין כל רשות לקחת את החוק לידיו, להוציא את הרוצח בעצמו מעיר המקלט או להמיתו שם [שד"ל]. ההליך המשפטי עשוי להתחיל בקבלת עדויות גם שלא בפני החשוד, אך גזר הדין לעולם אינו נחתם עד שהנאשם מובא לבית הדין ומשמיע את טענותיו [שד"ל]. בסיום המשפט, אם מתברר שההריגה הייתה בשוגג, הוא מוחזר לעיר המקלט, ואם הוא נמצא זכאי לחלוטין, הוא משוחרר [תורה תמימה, אדרת אליהו].
אולם, אם הורשע ברצח בכוונה תחילה, בית הדין מקיים את ההוראה וְנָתְנוּ אֹתוֹ בְּיַד גֹּאֵל הַדָּם. הרוצח עומד מול קרוב המשפחה התובע את עלבונו [שטיינזלץ], וישנה מצווה מפורשת למסור אותו לידי גואל הדם כדי שהוא זה שיוציא להורג את הרוצח [אדרת אליהו, ביאור יש"ר]. המילה וָמֵת מדגישה שההוצאה להורג מתבצעת אך ורק לאחר חריצת הדין [שטיינזלץ], וכן מלמדת שאם גואל הדם אינו ממית את הרוצח, חובה על כל אדם אחר להמיתו [מלבי"ם]. עם זאת, מסירה ישירה זו לידי גואל הדם שמורה למקרים שבהם ברור לחלוטין שהרצח נעשה בזדון. במקרה שהפוגע היה שונא של הנרצח אך אין הוכחה חותכת וברורה לכוונה תחילה, הוא אינו נמסר ישירות לידי גואל הדם, אלא מניחים את גורלו למקרה [העמק דבר].
יישום דין זה מותנה לחלוטין בקיומה של מערכת משפטית שלמה. בזמן הזה, שבו בטלו דיני נפשות ואין סנהדרין הדנה בכך, דין גואל הדם אינו נוהג כלל. לגואל הדם אין שום רשות לפגוע ברוצח, שכן ענישה כזו דורשת פסק דין של בית דין בן עשרים ושלושה דיינים וקבלת עדות מסודרת, תנאים שאינם אפשריים כיום [ברכת אשר על התורה].