מלחמת עמלק אינה מסתיימת בשדה הקרב הפיזי, אלא הופכת למאבק היסטורי ורוחני ארוך טווח. הציווי האלוהי לתעד את המאורע נועד לקבע בתודעת העם את מהות האויב, את חומרת מעשיו ואת ההבטחה להשמדתו המוחלטת בעתיד.
הפרשנים נחלקו למה מכוונת המילה בַּסֵּפֶר. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהכוונה לספר התורה, בו תיכתב פרשת מצוות זכירת עמלק [רמב"ן, ספורנו, מלבי"ם]. לעומת זאת, יש הסבורים כי מדובר בספר היסטורי ייעודי שאבד במהלך הדורות, כדוגמת "ספר מלחמות ה'" [אבן עזרא, חזקוני, רלב"ג], או שאין הכוונה לספר ספציפי כלל, אלא להוראה כללית לכתוב את הדברים על מגילה או נייר כדי שלא ישכחו [שד"ל, קאסוטו]. מטרת הכתיבה היא לזכור שעמלק היה הראשון להזדווג לישראל בצאתם ממצרים וללמד בכך אומות אחרות להרע להם [רש"י, מזרחי, גור אריה]. בניגוד לאומות כאדום, מואב ופלשת שנבהלו מנסי יציאת מצרים, עמלק הגיע ממקום רחוק ללא כל פחד מה' [אבן עזרא, הטור הארוך, חזקוני]. הכתיבה נועדה גם לפרסם את חטאו של עמלק, כדי שבדורות הבאים לא יתמהו מדוע נענש בחומרה כה רבה [בכור שור, חזקוני].
הציווי להעביר את המסר וְשִׂים בְּאׇזְנֵי יְהוֹשֻׁעַ עורר דיון נרחב, שכן יהושע עצמו לא השלים את מחיית עמלק, והדבר נעשה רק דורות רבים לאחר מכן. רוב הפרשנים מסבירים כי מכיוון שיהושע הוא זה שעתיד להכניס את ישראל לארץ ולעמוד בראשם, עליו מוטלת החובה להעביר את הציווי לדורות הבאים, שכן המצווה חלה רק לאחר יישוב הארץ והגעה למנוחה [רמב"ן, רש"י, חזקוני]. מתוך דברים אלו נרמז למשה, שאולי קיווה שבניו יירשו אותו, כי יהושע הוא זה שיחליפו בהנהגה [רש"י, משכיל לדוד, הדר זקנים].
גישות נוספות מציעות כי הדברים נאמרו ליהושע כנחמה. יהושע, שניהל את המערכה והצליח רק להחליש את עמלק ולא להשמידו, עלול היה לתהות ולהצטער מדוע ה' לא איפשר לו לכלות רשע זה לחלוטין. לכן נאמר לו באוזנו כהבטחה וסוד: אל תדאג, דע כי ה' בעצמו ישלים את המלאכה בעתיד [אור החיים, אלשיך, ביאור יש"ר]. בנוסף, יש שראו בהוראה זו ציווי למסירת התורה שבעל פה, המשלימה את הכתוב בַּסֵּפֶר. המסירה מפה לאוזן נועדה לדייק את קריאת המילה "זכר" כדי למנוע טעויות עתידיות בהבנת המצווה [פרדס יוסף], או כדי לגלות ליהושע את סוד קץ הימים ותכליתו של עמלק בעולם [העמק דבר]. שד"ל מציע פירוש מקורי לפיו משה יאמר את הדברים ויהושע הוא זה שיכתוב אותם בפועל, ככבוד וכתגמול על מסירותו בניהול המלחמה.
הכפילות במילים מָחֹה אֶמְחֶה נדרשת על ידי הפרשנים כמצביעה על פעולת השמדה רב-ממדית. יש המפרשים זאת כמחיה בשלבים היסטוריים: פעם אחת בימי שאול, פעם נוספת בימי מרדכי ואסתר, ומחיה סופית באחרית הימים [אור החיים]. אחרים רואים בכך חלוקה בין העולמות: ה' ימחה תחילה את שרו של עמלק בשמים, ולאחר מכן תתבצע המחיה של העם בארץ [רבנו בחיי, אלשיך, צאינה וראינה], או מחיה בעולם הזה ומחיה בעולם הבא [תולדות יצחק, דעת זקנים].
עולה השאלה מדוע נאמר כאן שה' ימחה את עמלק, בעוד שבספר דברים הציווי מוטל על ישראל. גישה אחת מסבירה כי לפני שעמלק פשט את ידו בבית המקדש, המצווה מוטלת על ישראל, אך לאחר מכן ה' בעצמו ימחה אותם [רא"ש]. גישה עמוקה יותר מסבירה כי מלחמת עמלק היא למעשה מלחמה רוחנית ותודעתית. עמלק מייצג את הכפירה בהשגחה האלוהית, את הטענה שהכל מקרה, ואת הערצת הכוח, האלימות והחרב בהיסטוריה האנושית [העמק דבר, פרדס יוסף]. הבטחת ה' למחות את זֵכֶר עֲמָלֵק משמעותה שבאחרית הימים, כאשר חוקי המוסר האלוהי ישלטו בעולם, תפיסת העולם העמלקית והאדרת המלחמות ייעלמו כליל מתודעת האנושות [רש"ר הירש].
ההדגשה מִתַּחַת הַשָּׁמָיִם מלמדת על ביעור מוחלט וכללי, בדומה למחיית העולם במבול. הכוונה היא שלא יישאר לעמלק נין ונכד, ואפילו בעלי החיים שלהם יושמדו, כדי שלא יישאר שום חפץ או יצור ששמו של עמלק נקרא עליו, וכך זכרם יימחק לחלוטין מהעולם [ספורנו, תורה תמימה, קיצור בעל הטורים].