סיומה של המערכה מול עמלק אינו מסתיים בהשמדה מוחלטת, אלא בניצחון מכריע אך מוגבל. ההתנגשות הפיזית בשדה הקרב משקפת מאבק רב־ממדי המשלב לחימה טבעית, התערבות אלוהית וכוחות רוחניים נסתרים.
הפרשנים נחלקו בהבנת הפעולה וַיַּחֲלֹשׁ. גישה אחת גורסת כי משמעות המילה היא ניצחון מוחלט והריגה, בדומה לשימוש במילה זו בספר איוב ("וגבר ימות ויחלש"), שם חולשה היא מילה נרדפת למוות [אבן עזרא, בכור שור, חזקוני, רשב"ם, הדר זקנים, אבן עזרא הקצר, ביאור יש"ר, ביאור שטיינזלץ]. לעומת זאת, גישה מרכזית אחרת מפרשת שיהושע לא השמיד את הצבא לחלוטין, אלא רק החליש אותו. הוא חתך את ראשי הגיבורים והותיר בחיים את החיילים החלשים [רש"י, מזרחי, צאינה וראינה, שפתי חכמים, דברי דוד]. העובדה שיהושע השאיר את החלשים בחיים ולא הרג את כולם, מוכיחה שהוא פעל על פי ציווי מדויק מאת ה', ולא מתוך היגיון צבאי רגיל [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה, ברכת אשר, רקנאטי]. יש המבארים כי ההכרעה הסופית של עמלק נדחתה לעתיד הרחוק, משום שעם ישראל עדיין לא היה בשל לכך, ועד שיגיע לבגרות רוחנית הוא זקוק להתמודדות מול אומה זו [רש"ר הירש]. כמו כן, בחירת פועל זה יוצרת משחק מילים וניגוד ספרותי לאותם "נחשלים" שעמלק זינב בהם בתחילת דרכו [קאסוטו].
גישה פרשנית ייחודית קושרת את החלשת האויב לכישוף ואצטגנינות. לפי פירוש זה, עמלק בחר בקפידה חיילים שעל פי הכוכבים לא היו עתידים למות באותו יום, או שהשתמש בלחשים כדי שהחרב לא תוכל להרוג אותם. משום כך, יהושע לא יכול היה להמיתם, אלא רק לקטוע את איבריהם ולהחלישם [הטור הארוך, דעת זקנים, חזקוני], או שהשתמש בשמות קדושים כדי לבטל את כשפיהם [פני דוד]. דעה נוספת קושרת את הפועל להטלת גורלות שבאמצעותם הוכרע האויב [הדר זקנים, דעת זקנים]. במישור הרוחני העליון, ההחלשה נובעת מכך שה' אינו מבטל לחלוטין את חוקי הטבע ומערכת הכוכבים אלא במקרי קיצון, ולכן בחר "להחליש" את כוחם במקום לעקור את המערכת מן היסוד [רבנו בחיי, תולדות יצחק].
הפסוק מבחין בין אֶת עֲמָלֵק וְאֶת עַמּוֹ. הפרדה זו מלמדת שעמלק הביא עמו אומה נוספת או צבא מקובץ כדי להילחם בישראל [ספורנו, רלב"ג, קאסוטו], או שהכוונה היא להמוני העם ולילדיו [הדר זקנים]. בנוסף, המילה אֶת באה לרבות את שרו הרוחני של עמלק בשמים, שיהושע החליש את כוחו בזכות תפילתו של משה [רבנו בחיי, תולדות יצחק].
הניצחון הושג לְפִי חָרֶב, כלומר באמצעות מלחמה טבעית ופיזית, ולא על ידי מגפה או מהומה ניסית גלויה כפי שאירע במלחמות אחרות [העמק דבר, מלבי"ם]. הבחירה להילחם דווקא בנשק זה נובעת מכך שהחרב היא כוחו וברכתו של עשיו, סבו של עמלק, ולכן ההתמודדות מולו דרשה שימוש באותו האמצעי בדיוק [אלשיך].