לאחר סיום נבואתו בתוך נינוה, הנביא עוזב את המקום ומתבודד מחוצה לו כדי להשקיף על גורל התושבים. מהלך אירועים זה מעורר דיון בשאלת הזמן המדויק שבו התרחשה יציאה זו. יש הסבורים כי הכתוב חוזר לאחור ומתאר פעולה שאירעה עוד לפני שמלאו ארבעים הימים שהוקצבו לעיר [אבן עזרא]. לעומת זאת, דעה אחרת גורסת כי הפסוקים מתארים את הדברים לפי סדר התרחשותם: מיד לאחר שהכריז יונה את נבואתו ואנשי נינוה חזרו בתשובה, הוא עזב את המקום כדי שלא להתחבר עם אנשי העיר הרשעים [אברבנאל].
הכתוב מציין כי וַיֵּצֵא יוֹנָה מִן־הָעִיר וַיֵּשֶׁב מִקֶּדֶם לָעִיר, כלומר הוא התיישב בצידה המזרחי של נינוה [רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. שם הוא נזקק להגנה מפני השמש, שכן מדובר באזור שבו חם מאוד ברוב ימות השנה, ולכן וַיַּעַשׂ לוֹ שָׁם סֻכָּה וַיֵּשֶׁב תַּחְתֶּיהָ בַּצֵּל [ביאור שטיינזלץ].
מטרת ישיבתו שם הייתה עַד אֲשֶׁר יִרְאֶה מַה־יִּהְיֶה בָּעִיר. מאחר שיונה כבר ידע שה׳ קיבל את תשובת אנשי נינוה וביטל את הגזירה, עולה השאלה למה בדיוק הוא המתין. גישה אחת מסבירה כי יונה חשד שאנשי נינוה לא יתמידו בתשובתם, ולכן ציפה לראות שמא יחזרו לסורם והגזירה המקורית תשוב ותחול עליהם [רד"ק, מצודת דוד]. מנגד, יש המפרשים כי יונה הבין שההפיכה הכוללת של העיר אכן בוטלה, אך סבר שאי אפשר שהם יינצלו ללא עונש כלל. הוא המתין לראות אם תבוא עליהם או על מקדשיהם מכה חלקית כלשהי, בדומה למה שאירע לאחר חטא העגל, שם ה׳ סלח לעם על החורבן הכולל אך בכל זאת הענישם במגפה [מלבי"ם, אברבנאל].