ה' מציב בפני יונה טענה מוסרית והגיונית נוקבת, הבנויה על קל וחומר. דרך התבוננות ביחסו של הנביא אל צמח חולף, נחשף הפער העצום שבין היקשרות אנושית התלויה בדבר לבין רחמי שמיים על מעשה הבריאה.
המונח אַתָּה חַסְתָּ מבטא חמלה וצער [מצודת ציון], אך המניע לחמלה זו מהותי להבנת הפסוק. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שיונה לא ריחם על הצמח מצד ערכו העצמי, אלא אך ורק מתוך צרכו האישי בצל שסיפק לו והצער על אובדן נוחות זו [מלבי"ם, רד"ק, אברבנאל]. יונה נהנה מהצמח כפי שבן חוסה בצל אביו המגן עליו [אברבנאל].
כדי לחדד את חוסר ההיגיון שבצער זה, ה' מדגיש: אֲשֶׁר לֹא־עָמַלְתָּ בּוֹ וְלֹא גִדַּלְתּוֹ. מטבע הדברים, אדם מצטער יותר על אובדן של דבר שהשקיע בו יגיעה, כגון חרישה, זריעה, השקיה וזיבול [רש"י, מצודת דוד, רד"ק]. יונה לא עשה דבר מאלו. מכאן עולה טענתו של ה': אם יונה חס על דבר שלא יצר, קל וחומר שה' יחוס על ברואיו שהם מעשה ידיו. אף על פי שה' אינו זקוק ל"עמל" ביצירת הבריאה, התורה משתמשת כאן בלשון בני אדם כדי לסבר את האוזן [רד"ק, אבן עזרא]. בעוד שהמניע של יונה היה תועלת אישית גרידא, המניע של ה' לחוס על הברואים הוא כבודו, שכן בני האדם משקפים את כבוד ה' בעולם, והוא אוהב אותם כפי שאב אוהב את בניו [רד"ק, אברבנאל].
זאת ועוד, הצמח היה חסר כל חשיבות ויציבות: שֶׁבִּן־לַיְלָה הָיָה וּבִן־לַיְלָה אָבָד. המילה בִּן מנוקדת בחיריק אך משמעותה היא "בן" (כמו בשם יהושע בן נון), והכוונה היא לדבר שגילו או משך קיומו הוא לילה אחד [מצודת ציון, רד"ק, אבן עזרא]. הפרשנים מסכימים כי הצמח גדל במשך לילה אחד, שימש את יונה ביום המחרת, וכבר בערב החל להתייבש עד שאבד כליל והוכה על ידי התולעת בעלות השחר של הלילה השני [אבן עזרא, רד"ק, מצודת דוד]. מדובר בציץ נובל וחסר ממשות, שהופעתו והיעלמותו המהירה לא חוללו שום שינוי משמעותי בעולם [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ, אברבנאל]. הניגוד העולה מן הפסוק ברור: אין הגיון לחוס על צמח כה זמני וחסר ערך שנעשה ונעלם במהירות [מצודת דוד], ומנגד, כיצד לא יחוס ה' על עיר עצומה כנינוה, המלאה ברבבות בני אדם שהם יציר כפיו.