בסיומו של הספר, ה׳ מציג בפני יונה קל וחומר מוסרי נוקב, המעמיד את רחמיו של הנביא על צמח חולף מול חמלתו של הבורא על יצירי כפיו. הטיעון חושף את הערך העצום של החיים ואת חוסר הצדק שבהשמדת חפים מפשע.
תחילה אומר ה׳ וַאֲנִי לֹא אָחוּס עַל נִינְוֵה, שכן העיר ותושביה הם מעשה ידיו, וכיצד ייתכן שלא יחמול עליהם [מצודת דוד, מלבי"ם]. בעיר ישנם הַרְבֵּה מִשְׁתֵּים עֶשְׂרֵה רִבּוֹ אָדָם, כלומר למעלה מ-120,000 איש, הכוללים זכרים ונקבות [רד"ק, שטיינזלץ], שכן המילה רִבּוֹ משמעותה עשרת אלפים [מצודת ציון].
הפסוק מתמקד באותה אוכלוסייה אֲשֶׁר לֹא יָדַע בֵּין יְמִינוֹ לִשְׂמֹאלוֹ. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בילדים קטנים שטרם רכשו דעת להבחין בין טוב לרע. קטנים אלו חפים מכל חטא אישי, ועונשם יכול לבוא רק בעוון הוריהם. מכיוון שההורים חזרו בתשובה, הוסר החטא ואין כל הצדקה לפגוע בילדים [רש"י, מצודת דוד, רד"ק].
מנגד, יש המפרשים ביטוי זה באופן סמלי, כמתייחס לאנשים פשוטים או למבוגרים חסרי מודעות רוחנית. לפי גישה זו, תושבי העיר אינם יודעים להבחין בין עבודת האל האמיתי, המיוצגת בצד ימין, לבין עבודת אלילים וטבע, המיוחסת בצד שמאל. בשל חוסר דעתם זה, אין להענישם בחומרה [מלבי"ם, שטיינזלץ]. פער זה ברמת הידיעה הוא גם הסיבה לכך שעם ישראל נענש על חטאיו בעוד שנינוה ניצלת, שכן ישראל קיבלו את התורה ויודעים להבחין בין ימין לשמאל [מלבי"ם].
בנוסף, העיר מלאה בבְהֵמָה רַבָּה. הפרשנים מסכימים כי לבעלי החיים אין זכות או חובה, הם אינם חוטאים, ולכן בוודאי שאינם ראויים לעונש ולמוות [מצודת דוד, רד"ק, אבן עזרא, שטיינזלץ]. עם זאת, יש המציעים פירוש מטפורי ולפיו המילים מתארות בני אדם מבוגרים שדעתם כשל בהמה, מאחר שאינם מכירים את בוראם [רש"י].
דרך פסוק זה מציב ה׳ מראה מול יונה: בעוד שהנביא כואב את אובדנו של קיקיון שאין לו כל אחריות כלפיו, רגשותיו אטומים לחייהם של רבבות חפים מפשע [שטיינזלץ]. השמדת עיר כה גדולה על כל החפים מפשע שבה הייתה נחקקת בהיסטוריה כמהפכת סדום, אירוע שהיה נודע בכל העולם [אבן עזרא].