יונה חושף את המניע האמיתי והעמוק שעמד מאחורי בריחתו מתחילת שליחותו. בפנייתו לה', הוא מציג את המאבק הנבואי, הלאומי והאמוני שהוביל אותו לנסות ולהימלט לתרשיש.
הפסוק פותח במילים וַיִּתְפַּלֵּל אֶל ה', אך תוכן התפילה עצמה, שבה יונה מבקש את נפשו למות, מופיע למעשה רק בפסוק הבא [רד"ק, מצודת דוד]. יונה פותח במילה אָנָּה, שמשמעותה אנא, והיא נכתבת כאן באות ה' [רד"ק, שטיינזלץ]. הוא טוען כלפי ה': הֲלוֹא זֶה דְבָרִי, כלומר, אלו היו מחשבות ליבי וזה מה שאמרתי לעצמי [רד"ק, מצודת דוד], עַד הֱיוֹתִי עַל אַדְמָתִי בעוד שהייתי בארצי, ארץ ישראל [רד"ק, מצודת ציון, שטיינזלץ]. מתוך אותן מחשבות, עַל כֵּן קִדַּמְתִּי לִבְרֹחַ תַּרְשִׁישָׁה, מיהרתי וברחתי מלכתחילה [מצודת ציון, שטיינזלץ], כדי להימלט בטרם תבוא אליי הנבואה פעם נוספת [רד"ק, מצודת דוד].
הפרשנים מציגים שלוש גישות מרכזיות להבנת טענתו של יונה ולהסבר מניעיו לבריחה:
הגישה הראשונה מתמקדת במעמדו של הנביא בעיני העם. יונה ידע שאם אנשי נינוה יחזרו בתשובה וה' לא יחריב את עירם, הוא עצמו ייתפס בעיניהם כשקרן [רש"י].
הגישה השנייה מדגישה את הדאגה הלאומית לעם ישראל. יונה חשש שאם אנשי נינוה ישובו בתשובה ויינצלו, הם יהפכו לאיום על ישראל. מעבר לכך, תשובתם המהירה של הגויים תעמוד בניגוד לעקשנותם של ישראל שאינם לוקחים מוסר, מה שעלול להגביר את כעסו של ה' על עמו [רד"ק, מצודת דוד].
הגישה השלישית מציגה התנגדות אמונית למידת הרחמים המוחלטת של ה'. לפי גישה זו, יונה לא היה מסרב ללכת אילו ידע שאנשי נינוה יעשו תשובה שלמה ואמיתית. אולם, הוא ידע שה' יוותר להם ויבטל את הגזירה מיד מתוך רחמים, גם אם לא יעזבו את חטאם המרכזי שהוא עבודה זרה. יונה ברח משום שלא רצה להיות חלק משליחות שבה הגזירה מתבטלת בקלות וללא תשובה ראויה [מלבי"ם].
בסיום דבריו, יונה מתאר את מידותיו של ה', וחותם במילה וְנִחָם, שמשמעותה מתחרט על הרעה המתוכננת [שטיינזלץ]. מבחינה דקדוקית, המילה מנוקדת בקמץ משום שהיא מתפקדת כצורת בינוני או תואר בבניין נפעל [רד"ק, אבן עזרא].