יונה מגיע לנקודת שבירה עמוקה, בה הוא מעדיף את המוות על פני החיים בעקבות תוצאות שליחותו. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שכאבו נובע מדאגה לעתיד עם ישראל. יונה מבין כי בעוד שנינוה ניצלה, עם ישראל אינו חוזר בתשובה, ולכן הוא חושש שנינוה תהפוך לשבט מוסר ולכלי ענישה נגד עמו [אבן עזרא, מלבי"ם]. הוא חש אשמה כבדה ורואה בעצמו את הגורם הישיר להישרדותה של נינוה, ומתוך כך לאסון העתיד לבוא על ישראל [מצודת דוד, מלבי"ם].
משום כך הוא מתחנן בפני ה', קַח־נָא אֶת־נַפְשִׁי מִמֶּנִּי, כדי שלא יאלץ לראות בחורבן ובסבל של בני עמו [רד"ק, מצודת דוד]. בקשת מוות זו מתוך מסירות לעם מזכירה את תפילתו של משה רבנו שביקש "מחני נא" או "הרגני נא הרוג" כדי לא לראות ברעת ישראל [רד"ק, אבן עזרא]. מנגד, גישה שונה מסבירה את הקריאה כִּי טוֹב מוֹתִי מֵחַיָּי ממניע של פגיעה אישית ומקצועית; לאחר שיונה התריע שנינוה תיהפך והדבר לא קרה, הוא מצטייר כעת כשקרן, ובושה זו גורמת לו להעדיף את המוות [ביאור שטיינזלץ].