השגחת ה' על יונה מתבטאת בזימון כוחות הטבע כדי להעצים את סבלו הפיזי והנפשי, ולהביאו לנקודת שבירה. עם זריחת השמש, ה' מזמן רוּחַ קָדִים, שהיא רוח מזרחית הידועה כרוח העזה והחמה ביותר [מצודת דוד, אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]. רוח זו זומנה במיוחד באותו רגע כדי להוסיף צרה על צרתו של יונה [רד"ק].
לגבי תיאור הרוח כחֲרִישִׁית, ישנה מחלוקת מרתקת בין הפרשנים באשר לאופייה. הגישה המרכזית גורסת כי מקור המילה הוא מלשון חירשות, כלומר מדובר ברוח כה חזקה וסוערת, עד ששאונה מחריש את אוזני השומעים [מצודת דוד, מלבי"ם, רד"ק, אבן עזרא]. מנגד, יש המפרשים מלשון שתיקה, ומסבירים כי זוהי רוח כה עוצמתית עד שהיא משתקת ומעלימה את כל שאר הרוחות מפניה, ומביאה עמה חום כבד [רש"י, רד"ק]. דעה נוספת מציעה כי מדובר דווקא ברוח קלילה [ביאור שטיינזלץ].
במקביל לרוח החמה, וַתַּךְ הַשֶּׁמֶשׁ מכה ביונה, כלומר השמש זרחה והשליכה את קרניה היוקדות ישירות על ראשו [מצודת דוד, מצודת ציון]. כתוצאה מהשילוב הקטלני של הרוח והחום הפתאומי, וַיִּתְעַלָּף. רוב הפרשנים מסבירים מילה זו כפשוטה: יונה איבד את הכרתו, נחלש מאוד ואיבד תחושה, עד שנפשו נבהלה ויגעה וכמעט יצאה רוחו [רש"י, מצודת ציון, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. גישה שונה לחלוטין מציעה כי יונה התעטף והתכסה בבגדיו כדי להתגונן מפגעי הטבע [אבן עזרא].
מתוך עומק הייסורים והחולי שנגרמו מהחום הכבד, מגיע יונה לייאוש מוחלט. וַיִּשְׁאַל אֶת־נַפְשׁוֹ לָמוּת – הוא מבקש שנפשו תיפרד ממנו, וקובע כי טוֹב מוֹתִי מֵחַיָּי, שכן סבלו הפיזי כה רב עד שהמוות נראה כפתרון עדיף על פני המשך החיים בייסורים אלו [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].