הקדשת הלוויים לתפקידם במשכן דרשה שילוב בין פעולות של היטהרות עצמית לבין פעולות כפרה שנעשו עבורם על ידי אהרון.
המילה וַיִּתְחַטְּאוּ מתפרשת בשני מישורים מרכזיים. במישור המעשי, רוב הפרשנים מסבירים כי מדובר בהזאת מי החטאת על הלוויים [רשב"ם, חזקוני, רש"ר הירש], וכן בטבילתם [צפנת פענח]. במישור הרעיוני, הפעולה מעידה על כך שהלוויים לא היו פסיביים בתהליך, אלא לקחו יוזמה, עשו את חלקם וטהרו את עצמם כדי לקיים את ציווי ה' [אבן עזרא, העמק דבר, ביאור שטיינזלץ]. הפעולה של וַיְכַבְּסוּ בִּגְדֵיהֶם נחשבת אף היא לחלק מתהליך הטבילה וההיטהרות [רש"ר הירש].
לגבי המשך הפסוק, וַיְכַפֵּר עֲלֵיהֶם אַהֲרֹן, קיימת מחלוקת לגבי סדר הזמנים של התרחשות הדברים. יש המפרשים כי הפעולה מתוארת בלשון עבר, כלומר אהרון כבר כיפר עליהם והעמידם במקומם עוד קודם לכן [אבן עזרא, הטור הארוך]. מנגד, ישנה דעה כי הפסוק מתאר רצף כרונולוגי: תחילה הלוויים טיהרו את עצמם, ורק לאחר מכן סמכו את ידיהם על פרים שהוקרבו כקורבנות חטאת ועולה, ובאמצעותם כיפר עליהם אהרון [אבן עזרא, רש"ר הירש].
השלב הסופי, לְטַהֲרָם, נועד להשלים את התהליך. קורבנות אלו העניקו לטהרת הלוויים שלמות חיובית, שכן בלעדיהם הם היו נחשבים למחוסרי כפרה ולא היו רשאים להיכנס למקדש [רש"ר הירש]. בכך, אהרון העלה אותם בדרגה הרוחנית והפך אותם לראויים ומוכנים לתפקידם החדש [ביאור שטיינזלץ].