משאלת לב עמוקה וכמיהה אל הקודש עולות מבעד לתיאור פסטורלי לכאורה של ציפורים המקננות בבטחה. המזמור מעמת בין שלוותן של הציפורים, המוצאות מנוח ונחלה, לבין נפשו הסוערת והנודדת של המשורר המבקש את קרבת ה'.
תחילה, מפרשים המקורות את מילות הפסוק: דְרוֹר הוא סוג של עוף. יש הסבורים שזהו עוף קטן המקנן בקרבת בני אדם [רד"ק], עוף מנגן [אבן עזרא], או להפך, עוף המתרחק מבני אדם ובונה את הקֵּן, שהוא מדורו, על עצים גבוהים [מלבי"ם]. המילה שָׁתָה משמעותה שמה, ואֶפְרֹחֶיהָ הם גוזליה הקטנים או ביציה [מצודת ציון, רש"י]. המילים אֶת מִזְבְּחוֹתֶיךָ מתפרשות כ"עם" או "על" המזבחות [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים רואה בפסוק קינה על חורבן בית המקדש והיציאה לגלות. המקדש חרב ושומם עד כדי כך שחיות ועופות מוצאים בו משכן בטוח. המשורר מתאונן על כך שדווקא הציפורים זכו למצוא בית על המזבח, בעוד שעם ישראל אינו יכול לחגוג שם ולהקריב קורבנות [רש"י, רד"ק, מצודת דוד, מאירי]. ה[רד"ק] מוסיף ומדגיש כי בזמן שבית המקדש היה קיים, לא היו עופות מקננים בו כלל מפני הטומאה, ואף הותקן בגג מתקן מיוחד ("כליא עורב") כדי להרחיקם. לכן התיאור בהכרח מתייחס לזמן חורבן, או לתקופה קדומה יותר שבה הותרה ההקרבה בבמות ברחבי הארץ והעופות יכלו לקנן בהן.
גישה שונה מפרשת את הפסוק כביטוי לתשוקתו האישית של המשורר הנודד. ה[אבן עזרא] וה[ביאור שטיינזלץ] מסבירים כי המשורר עורך השוואה בינו לבין העופות: כשם שהציפור והדרור מוצאים לעצמם קן ובית, כך המשורר, שאינו מוצא מנוח בנדודיו, משתוקק שביתו ומקום חנייתו יהיו אך ורק ליד מזבחות ה'. בהקשר זה, מביא ה[אבן עזרא] מחלוקת מעניינת: בעוד שרבי משה טוען כי לעופות ישנו חוש טבעי המושך אותם אל מקום הכבוד והקרבנות כדי להניח שם את אפרוחיהם, רבי יהודה בן בלעם לועג לרעיון זה וטוען שלעופות אין דעת, ולכן מדובר במשל בלבד לכמיהת המשורר. ה[אלשיך] מרחיב כיוון זה ובונה קל וחומר: אם ציפור קלה, חסרת דעת והבנה רוחנית, נמשכת בטבעה אל מזבח ה', על אחת כמה וכמה שגופו ונפשו של האדם צריכים להשתוקק לקרבת אלוהים ולשירת זמירות בחצרותיו.
מעבר לרובד הפשט, הפרשנים מציעים מגוון פירושים אלגוריים ומדרשיים. הצִפּוֹר נמשלת לכנסת ישראל [רש"י, מאירי], והאֶפְרֹחֶיהָ מסמלים את "פרחי הכהונה" – הכהנים הצעירים שעמדו תמיד סביב המזבח, ממש כגוזלים בקן [רד"ק, מאירי]. ה[מלבי"ם] מצייר תמונה פיוטית שבה הציפור המנגנת בקנה משולה ללוי העומד על הדוכן ומשורר לה', והאפרוחים משולים לקורבנות עצמם שהועלו על המזבח. לבסוף, ה[מאירי] מציע פירוש חינוכי ורעיוני, לפיו הציפורים משולות לתלמידים מתחילים המוצאים במקום הקדוש את סיפוקם, ומתקדמים בהדרגה בלימודם עד שהם מניחים את אפרוחיהם – כלומר, את דעותיהם וסברותיהם העמוקות ביותר – על מזבחות ה', שהם רזי החכמה. אף על פי שהמשורר חש בחסרונו בחכמה, הוא מבין שקדושת המקום עצמה מסייעת ומכינה את האדם להגיע לשלמות זו.