סיומה של המגילה מקפל בתוכו מתח עדין של ריחוק וגעגוע, פרידה זמנית הנושאת בחובה הבטחה לשובו של האהוב. הבקשה לברוח ולהתרחק שזורה בקשר העמוק והבלתי ניתן לניתוק שבין הרעיה לדודה.
על פי פשט הכתובים, המילה בְּרַח מבטאת מהירות הליכה ומרוצה, המילה וּדְמֵה משמעותה דימוי והשוואה, והמילה לְעֹפֶר מתארת את הוולד הצעיר של האייל [מצודת ציון]. הרעיה מבקשת מאהובה שאם ישנה סכנה או חשש מהשומרים, עליו למהר ולנוס מן הגנים אל הרי הבשמים. היא מבטיחה לו שאהבתה נתונה לו, ויודעת שכשם שהצבי בורח אך מקפיד להביט לאחוריו ולשוב למקומו, כך גם הוא עתיד לחזור אליה [שטיינזלץ, מלבי"ם]. לחלופין, זוהי הזמנה להתרחק אל מקום מסתור שבו יוכלו לשוחח באין מפריע [מצודת דוד].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שפסוק זה מהווה את תחינתה הסופית של כנסת ישראל אל ה׳ מתוך עומק הגלות. הקריאה בְּרַח דּוֹדִי היא בקשה מה׳ לברוח ולהוציא אותנו מן הגלות הארוכה שאנו שרויים בה [רש"י, צרור המור, צאינה וראינה]. מנגד, יש המפרשים את הבריחה כבקשה מה׳ להתרחק מאומות העולם המכעיסות אותו, ולדבוק בישראל המהללים את שמו [תורה תמימה]. גישה הפוכה מציעה שהבקשה היא שה׳ ירד ממרומים, יעזוב את פמליית המלאכים המשרתים אותו, ויבוא לשכון בקרב עמו [אבן עזרא].
הבקשה וּדְמֵה־לְךָ לִצְבִי אוֹ לְעֹפֶר הָאַיָּלִים מסמלת בראש ובראשונה את קלות המרוצה והמהירות שבה מתבקש ה׳ להחיש את הגאולה [רש"י, צרור המור]. מעבר למהירות, הצבי טומן בחובו משמעויות נוספות: כשם שאייל יכול לנדוד לקצה העולם אך תמיד יחזור אל המקום שממנו יצא, כך עם ישראל המפוזר בגלות עתיד לשוב למקומו בירושלים [צאינה וראינה]. הצבי מסמל גם טהרה, שכן בניגוד לבהמה שחלבה טמא, כל חלבו של הצבי מותר באכילה [תורה תמימה]. בנוסף, דרכו של הצבי לישון כשעינו האחת פתוחה והשנייה עצומה. הדבר משקף את השגחת ה׳: בעוד שעל הצדיקים העושים את רצונו מאהבה הוא מביט בשתי עיניים, הוא עדיין משאיר עין אחת פתוחה ומשגיחה גם על אלו שעושים את רצונו רק מתוך יראה [תורה תמימה]. המילה לְעֹפֶר נדרשת גם מלשון אֵפֶר, כבקשה שה׳ יקבל את תפילותינו ברצון כאילו היו אפר של קורבנות עולה [תורה תמימה].
יעד הבריחה, עַל הָרֵי בְשָׂמִים, מזוהה על ידי רוב הפרשנים כהר המוריה, הר ציון ובית המקדש העתיד להיבנות [רש"י, ספורנו, אבן עזרא]. זהו המקום שבו הקטירו את הקטורת [מצודת דוד], והמקום שבו הקריבו האבות – אדם, נח ואברהם – את קורבנותיהם, וזכותם עולה כריח ניחוח המחיש את הגאולה [צרור המור, תורה תמימה]. פרשנים אחרים רואים בהרי הבשמים רמז לגן עדן [תורה תמימה], לעולם הבא ולמדרגות הרוחניות העליונות [עזרא בן שלמה], או משל לחכמה האלוהית [רלב"ג].
ברובד עמוק יותר, יש הדורשים את המילה "בשמים" כ"בַּשָּׁמַיִם". לפי פירוש זה, ה׳ ממתין לדון את שרי האומות הנמצאים בשמיים (כאשר המילה "הריהם" נדרשת מלשון שריהם) בטרם יביא את הגאולה [תורה תמימה]. ולבסוף, הגאולה עצמה נמשלת לבשמים: כשם שריחם של הבשמים אינו נודף כשהם רכים ולחים אלא רק לאחר שהם מתייבשים, כך גם גאולתם של ישראל תהיה שלמה וטובה ביותר כאשר תגיע בזמנה הבשל והראוי [תורה תמימה].