מראה מרהיב ודרמטי נגלה לעיני המתבונן: דמות העולה ממקום שומם וצחיח, כשהיא נשענת ודבקה באהובה. תמונה זו משמשת פתח לתיאור קשר עמוק, החוצה גבולות פיזיים וחוזר אל שורשי היווצרותה של האהבה, תוך שילוב בין זיכרונות של התעלות רוחנית לבין רגעי משבר וכאב.
השאלה הפותחת, מִי זֹאת עֹלָה מִן־הַמִּדְבָּר, מפורשת על ידי רוב הפרשנים כקריאת התפעלות. ה' ובית דינו משבחים את כנסת ישראל על מעלתה הרוחנית הגבוהה, שאותה רכשה דווקא במדבר השומם, עם קבלת התורה והשראת השכינה [רש"י]. מנגד, יש הרואים בכך את קולה של כנסת ישראל עצמה, המתגאה ושואלת את ה': מי עוד כמוני האמין בך והלך אחריך בארץ לא זרועה? [מצודת דוד]. לצד זאת, המילה עֹלָה טומנת בחובה משמעות כפולה: היא מסמלת את ההתעלות והזיכוך של ישראל, אך רומזת גם על סילוק ומיתה, זכר לדור שחטא ומת במדבר [תורה תמימה, אלשיך]. ברובד האלגורי, הפסוק מתאר את הנשמה העוזבת את הגוף החומרי (המדבר) ועולה למרומים [מלבי"ם], או את השכינה השבה למקומה לאחר צער הגלות [עזרא בן שלמה].
בדרכה, הרעיה מִתְרַפֶּקֶת עַל־דּוֹדָהּ. רוב הפרשנים מסכימים כי משמעות המילה היא היצמדות, התחברות ודבקות באהבה [רש"י, מצודת ציון, אבן עזרא]. יש המקשרים מילה זו לשורש "מרפק", ומסבירים כי מדובר בחיבוק עז, שבו הרעיה כורכת את זרועותיה סביב דודה מתוך חשק ורצון עז להשיג חכמה אלוהית [רלב"ג]. גישה אחרת רואה בהתרפקות ביטוי של צער, הכאה על חטא והתאוננות על עיכוב הגאולה ועל הריחוק מה' [ספורנו, עזרא בן שלמה]. פירוש ייחודי דורש את המילה בחילוף אותיות כ"מתפרקת", ורואה בכך רמז לעתיד לבוא, אז תפרק ותתיר כנסת ישראל את כל הספקות ותעלומות החכמה בתורה ובהנהגת המלכות [תורה תמימה].
מכאן עוברת הרעיה להזכיר את רגעי החיבור הראשוניים: תַּחַת הַתַּפּוּחַ עֽוֹרַרְתִּ֔יךָ. התַּפּוּחַ מזוהה בקרב פרשנים רבים עם הר סיני. ההר נמשל לתפוח משום שכשם שהתפוח מוציא את פירותיו לפני עליו, כך הקדימו ישראל "נעשה" ל"נשמע"; וכשם שהתפוח חונט את פירותיו בחודש סיוון, כך ניתנה התורה בחודש זה. הסבר נוסף הוא שבמעמד הר סיני נעקר ההר ממקומו והיה תלוי מעל ישראל כמעין כיפה או נאד נפוח [תורה תמימה, רש"י]. מבחינה היסטורית, עץ התפוח מסמל את מסירות הנפש של הנשים הצדקניות במצרים, אשר חרף גזירות פרעה המשיכו ללדת את ילדיהן בסתר בשדות, תחת עצי התפוח [תורה תמימה, אלשיך]. פעולת ההתעוררות (עֽוֹרַרְתִּ֔יךָ) מתארת את ישראל המעוררים את אהבתו של ה' באמצעות תפילותיהם, כאישה המעוררת את בעלה באהבה [רש"י, אבן עזרא, ספורנו]. ברמה הפנימית, "צל התפוח" הוא המקור השורשי שבו נוצר הקשר בין הנשמה לבוראה, וההתעוררות היא הרצון להתעלות מהעולם המוחשי והחיצוני אל המהות הפנימית והרוחנית [שטיינזלץ, רלב"ג, מלבי"ם].
סופו של הפסוק, שָׁ֚מָּה חִבְּלַ֣תְךָ אִמֶּ֔ךָ שָׁ֖מָּה חִבְּלָ֥ה יְלָדַֽתְךָ, עוסק בכאב הכרוך ביצירת הקשר. המילה חִבְּלַ֣תְךָ מתפרשת כחבלי לידה וייסורים [רש"י, מצודת ציון, אבן עזרא]. ה' כביכול הפך לאם עבור ישראל, וחווה "חבלי לידה" וצער כאשר הוציאם ממצרים והכניסם תחת כנפי השכינה [רש"י, צרור המור]. החזרה הכפולה על המילה שָׁ֚מָּה מציגה את הדואליות של חוויית המדבר: מחד גיסא, ישראל נולדו שם מחדש כבריה נקייה מעוונות בעת שאמרו "נעשה ונשמע"; מאידך גיסא, שם גם חבלו בעצמם ואיבדו את מעלתם הרוחנית (מלשון חבלה ונזק) כאשר חטאו בעגל הזהב [תורה תמימה]. מתוך כך נלמד יסוד רוחני עמוק: כשם שדור המדבר, על אף צדקותו, נזקק לעבור את "חבלי הלידה" והייסורים של שעבוד מצרים כדי להגיע לגדולה, כך גם הגאולה העתידית אינה יכולה להופיע ללא הכנה מוקדמת וייסורים של "חבלי משיח" בגלות [אלשיך, צרור המור]. בראי הנפש, חבלי הלידה מתארים את ייסורי הנשמה הרוחנית הנקשרת ויורדת אל תוך הגוף החומרי, בעודה זוכרת את שורשה העליון [מלבי"ם].