ההכרעה במלחמה וכיבוש עיר האויב אינם מובנים מאליהם, אלא תלויים בהתנהלות מקדימה. ההבטחה וּנְתָנָהּ ה' אֱלֹהֶיךָ בְּיָדֶךָ מותנית בכך שעם ישראל יקיים את כל ההוראות והכללים שנאמרו קודם לכן בענייני המלחמה, ורק אם יפעלו לפיהם מובטח כי ה׳ ימסור את העיר לידיהם [רש"י ואדרת אליהו]. שלב הכיבוש מגיע לאחר מצור נוקשה, אשר במסגרתו מותר להפעיל לחץ כבד על יושבי העיר, כולל הרעבה, הצמאה ואף גרימת מחלות [תורה תמימה].
לאחר נפילת העיר, הציווי הוא וְהִכִּיתָ אֶת כָּל זְכוּרָהּ לְפִי חָרֶב. מבחינה דקדוקית, המילה וְהִכִּיתָ נהגית בהטעמה על ההברה האחרונה, תופעה נדירה המופיעה רק בחמישה מקומות במקרא [מנחת שי]. משמעות ההוראה היא הריגתם של הגברים הבוגרים בלבד, שכן הם מוגדרים כאויבים הלוחמים [מלבי"ם וביאור שטיינזלץ]. לעומת זאת, ילדים זכרים אינם נכללים בגזירה זו ודינם כטף שניצל ונלקח כשלל, כפי שניתן ללמוד מתקדים מלחמת מדין [מלבי"ם].
אגב הריגת הגברים ולקיחת השלל, עולה שאלת חוקיות הביזה. התורה מתירה במפורש את לקיחת השלל כדי לשלול את המחשבה שיש בכך איסור גזל או חובה להקדיש את הרכוש לה׳. קיימת מחלוקת לגבי היקף ההיתר במלחמה: יש הסבורים כי הותר ללוחמים לאכול אפילו מזון שאינו כשר, בעוד אחרים מצמצמים את ההיתר המיוחד של לקיחת השלל ללא חשש גזל למלחמות שבעת עממי כנען בלבד [מלבי"ם].