הציווי החריף להחרים את עמי כנען נובע מחשש עמוק מפני טמיעה תרבותית ודתית. נוכחותם של עמים אלו מהווה איום רוחני קיומי, שכן תרבויותיהם האליליות ודתותיהם המושחתות עלולות להשפיע בקלות על ישראל ולפגוע במוסר ובאמונה [ביאור שטיינזלץ].
הסכנה המרכזית העולה מן המילים לַעֲשׂוֹת כְּכֹל תּוֹעֲבֹתָם אינה רק הפיתוי לעבוד עבודה זרה, איסור שכבר הוזכר במקומות אחרים בתורה, אלא סכנה מעודנת וחמורה לא פחות: אימוץ דרכי הפולחן המזעזעות של הגויים, כדוגמת שריפת ילדים, בניסיון לעבוד באמצעותן את ה'. הפרשנים מסבירים כי מה שנחשב לרצוי בעיני האלילים הוא תועבה מוחלטת לפני ה' [שד"ל]. לכן, אפילו השארת אדם בודד מעמי כנען עלולה להוביל לכך שהישראלי ילמד את שיטות הפולחן שלו ויישם אותן כלפי ה', ובכך יחטא חטא חמור [רמב"ן, הטור הארוך, ביאור יש"ר].
עם זאת, מתוך המילים לְמַעַן אֲשֶׁר לֹא יְלַמְּדוּ אֶתְכֶם לומדים הפרשנים סייג הלכתי מהותי: החובה להשמיד את העמים חלה רק כל עוד הם דבקים בדרכיהם המושחתות ומהווים דוגמה שלילית. אם הם חוזרים בתשובה, עוזבים את האלילות ואינם מהווים עוד סכנה רוחנית, מותר ואף ראוי לקבל אותם ולהשאירם בחיים [רש"י, תורה תמימה, צפנת פענח, רש"ר הירש].
סביב סייג זה מתקיים דיון מעמיק בשאלה מהי אותה חזרה בתשובה המצילה ממוות. גישה אחת סבורה כי מדובר בקבלת שבע מצוות בני נח בלבד, ולא בגיור מלא. הנימוק לכך הוא שאם היה מדובר בגיור מוחלט והפיכתם לישראלים לכל דבר, היה ברור מאליו שאין להורגם, ולכן החידוש בפסוק הוא שגם עזיבת האלילות וקבלת חוקי מוסר בסיסיים מספיקה כדי להצילם [מזרחי, שפתי חכמים].
לעומת זאת, פרשנים אחרים מחלקים בין עמים שונים וזמנים שונים. לשיטתם, קבלת שבע מצוות בני נח מועילה רק לעמים החיים מחוץ לגבולות ארץ ישראל. לעומת זאת, לגבי שבעת עמי כנען היושבים בתוך הארץ, אין מקבלים מהם הצהרה כזו לאחר שהחלה המלחמה, מחשש שהם עושים זאת מתוך פחד בלבד ולא מתוך כוונה אמיתית. עמים אלו יכלו להינצל רק אם השלימו וקיבלו על עצמם את התנאים לפני פרוץ המלחמה, כפי שיהושע בן נון שלח להם איגרות שלום בטרם הקרבות, או לחלופין באמצעות גיור מוחלט ושלם [העמק דבר, יריעות שלמה, אדרת אליהו, תורה תמימה].