ברגע של ייאוש מוחלט, כאשר הנביא מושלך אל הים הסוער כדי למות, מתרחשת תפנית פלאית. במקום טביעה באוקיינוס, הים הופך למקום מקלט זמני, ומעמקי המים משמשים כזירה לאחד הנסים המוכרים ביותר בתנ"ך, שבו כוחות הטבע מגויסים כדי לשמור על חייו של האדם הבורח מייעודו.
המילה הפותחת את הפסוק, וַיְמַן, מפורשת על ידי רוב הפרשנים במשמעות של זימון, מינוי והכנה. ה' הזמין והכין מראש את הדג במקום המדויק שאליו הושלך יונה, כדי שיבלע אותו מיד ויציל אותו מטביעה מהירה במי הים [מצודת דוד, מצודת ציון, רד"ק, אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]. יש המוסיפים כי הופעתו של הדג לא הייתה מקרית כלל, אלא הוא היה מיועד ומוכן למשימה זו עוד מששת ימי בראשית [רד"ק, צאינה וראינה].
הפרשנים מסכימים כי שהייתו של יונה בתוך דָּג גָּדוֹל היא פלא עצום הנוגד את חוקי הטבע. הדג בלע את יונה בשלמותו מבלי לשבור את עצמותיו, למרות שמבחינה טבעית אדם אינו מסוגל לחיות במעי דג אפילו שעה קלה ללא שאיפת אוויר מבחוץ [אבן עזרא, אברבנאל, מלבי"ם]. כדי להסביר את הנס, יש המשווים את מצבו של יונה למצבו של עובר, השוהה במעי אמו חודשים ארוכים ומתקיים ללא נשימת אוויר חיצונית, או לנס הצלתם של חנניה, מישאל ועזריה מכבשן האש. חרף התנאים הבלתי אפשריים, יונה שמר על הכרתו ועל צלילות דעתו ואף היה מסוגל להתפלל [אברבנאל, מלבי"ם]. גישה מדרשית מרחיבה את תיאור הנס ומספרת כי פיו של הדג הואר, ובתוכו הייתה אבן טובה שהאירה ליונה ואפשרה לו לראות את כל פלאי המצולות [צאינה וראינה].
הפסוק מציין כי יונה שהה במעי הדג שְׁלֹשָׁה יָמִים וּשְׁלֹשָׁה לֵילוֹת. עובדה זו מעוררת את השאלה מדוע יונה לא התפלל מיד עם בליעתו. על כך משיבים חלק מהמפרשים כי הדג הראשון שבלע את יונה היה זכר, וחללו הפנימי היה מרווח. מכיוון שיונה שהה שם בנוחות יחסית, הוא לא נתן את לבו להתפלל לה'. כדי לעורר אותו לתפילה, ה' ציווה על הדג לפלוט את יונה אל תוך פיה של דגה נקבה, שהייתה מלאה באלפי עוברים. רק כאשר הועבר אל מעי הדגה ההדוקים והצפופים, מתוך דוחק רב וסבל, נשברה שתיקתו של יונה והוא החל לזעוק אל ה' [רש"י, צאינה וראינה].