שהייתו של יונה במעי הדג לא הייתה כטרף, אלא כחלק מהשגחה אלוהית שנועדה לשמור עליו ולהצילו בלב ים, למרות שניסה לכבוש את נבואתו [ביאור שטיינזלץ]. משהבחין ה' כי יונה שב בתשובה שלמה, התחרט על חטאו וקיבל על עצמו שלא לברוח שוב, הגיעה העת לשחררו, שכן אין דבר העומד בפני התשובה [אברבנאל].
הציווי האלוהי וַיֹּאמֶר ה' לַדָּג אינו מתאר דיבור מילולי. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שה' העיר את רצונו ורוחו של הדג להתקרב לשפת הים ולשחרר את יונה. יש המבארים כי השימוש בפועל זה הוא דרך משל, המבטא את העובדה שה' הכריח את הדג לעשות את רצונו [אבן עזרא]. באשר למילה לַדָּג המופיעה בלשון זכר, יש המציינים כי לאחר שיונה התפלל, הוא הועבר ממעי הדגה (שנזכרה קודם לכן בסיפור) בחזרה אל מעי הדג, שם היה לו חלל מרווח יותר לשהות בו [מצודת דוד].
כדי לקיים את הציווי, עבר הדג מסע ארוך של תשע מאות וששים וחמש פרסאות עד שהגיע אל החוף [אברבנאל, מלבי"ם]. שם התקיים וַיָּקֵא, פעולה שעניינה הוצאת דבר החוצה דרך הפה [מצודת ציון]. כפי שה' העיר את לבו של הדג, כך הוא אכן עשה, והוציא את יונה בבטחה אֶל הַיַּבָּשָׁה [מצודת דוד].