יונה מתאר את רגעי האימה והטלטלה העזה שחווה בעת שהושלך מן האונייה אל מצולות הים הסוער. תיאור זה ממחיש את המעבר החד מהעולם שמעל פני המים אל העומק החשוך והגועש, שם הוא נתון לחלוטין לחסדי ה'.
המילה מְצוּלָה מבטאת את עומק המים שאליו צלל [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. התיאור בִּלְבַב יַמִּים משתמש במילה "לב" בהשאלה כדי לתאר את החוזק והעוצמה של הים, בדומה ללב שהוא האיבר החזק והמרכזי בבעלי החיים [מצודת ציון]. השימוש בלשון רבים במילה יַמִּים שגור במקרא [אבן עזרא].
כאשר יונה אומר וְנָהָר יְסֹבְבֵנִי, מתעוררת השאלה מה עושה נהר בלב הים, והפרשנים מציעים לכך מספר כיוונים. גישה אחת מסבירה כי מדובר בתיאור גיאוגרפי, ולפיו יונה הושלך בדיוק במקום שבו מי נהר נשפכים ומתחברים אל מי הים [רד"ק, מצודת דוד], ויש אף המזהים זאת כאזור שבו זרמים של ימים שונים מתערבבים זה בזה [אבן עזרא]. מנגד, גישה אחרת מתמקדת באופי תנועת המים. בשעה שמי הים עומדים בדרך כלל ונקווים במקומם, הסערה העזה שהתחוללה מהתהום גרמה למים לגעוש, להימשך ולהסתובב סביבו במעגל שוטף כמו מי נהר, עד שהיה מוקף ונתון כולו בתוך המים [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ].
על עוצמת הסערה מעידות המילים כׇּל־מִשְׁבָּרֶיךָ וְגַלֶּיךָ. אלו הם שמות נרדפים לנחשולי הים [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. השם מִשְׁבָּרֶיךָ ניתן לגלים אלו משום שבעת סערה וזעף הם נראים כמי שמשברים ומפרקים את הים עצמו, וחוזרים ונשברים בעוצמה [רש"י, רד"ק, מצודת ציון].
את סיום הפסוק במילים עָלַי עָבָרוּ מסבירים הפרשנים בשני אופנים המשלימים את תמונת טביעתו. הסבר אחד מתמקד בשקיעתו הפיזית למטה; יונה לא צף על פני הגלים, אלא נפל לעומק שבו המים שוטפים מטה, בעוד הגלים הסוערים חולפים ממעל לו [מלבי"ם]. הסבר נוסף קושר זאת לבליעתו על ידי הדג, ולפיו עצם העובדה שהגלים עברו על גבי הדג ששחה בים, נחשבת כאילו עברו על יונה עצמו בהיותו כלוא בתוך מעיו [מצודת דוד].