במעמקי הים, בתוך מציאות בלתי אפשרית, מתרחש רגע של התעוררות רוחנית מתוך דוחק ומצוקה. שהייתו של יונה במעי הדג טומנת בחובה נס כפול: לא רק עצם הישרדותו הפיזית במשך שלושה ימים ושלושה לילות, אלא גם פליאתו של נס תודעתי. יונה לא נדהם או איבד את עשתונותיו, אלא שמר על דעתו ועל צלילות שכלו כדי לשאת תפילה [רד"ק]. פנייתו אל ה׳ אֱלֹהָיו מבטאת את שילוב מידת הרחמים, המיוצגת בשם ה׳, יחד עם מידת הדין [רש"י].
השימוש במילה מִמְּעֵי עורר דיון באשר למועד ולמיקום המדויק שבו נאמרה התפילה. יש שרצו לטעון כי יונה התפלל רק לאחר שיצא אל היבשה, אך טענה זו נדחית בתוקף. יונה התפלל וזעק אל ה׳ בעודו בתוך מעי הדג, טרם שהוקיא אותו, והאות מ"ם במילה מִמְּעֵי אינה מציינת יציאה החוצה, אלא מתארת תפילה הבוקעת מתוך הצרה עצמה, בדומה לאדם הקורא ממעמקים [אבן עזרא, רד"ק]. העובדה שיונה מתנסח בתפילתו בלשון עבר נובעת מרוח הנבואה ששרתה עליו, שכן נביאים נוהגים לתאר ישועה עתידית שנגזרה מן השמיים כאילו כבר התרחשה בפועל [אבן עזרא].
שינוי הלשון בפסוק, מ"דג" בפסוק הקודם לציון הַדָּגָה בלשון נקבה, זוכה לשני אפיקי פרשנות מרכזיים. במישור הלשוני הפשוט, המילים "דג" ו"דגה" משמשות בערבוביה כשם המין או כשם קיבוצי, ואין ביניהן הבדל מהותי [רד"ק, אבן עזרא].
עם זאת, גישה רחבה בקרב הפרשנים נשענת על מסורת חז"ל, ורואה בשינוי זה רמז לתהליך שעבר יונה. על פי פירוש זה, בתחילה נבלע יונה על ידי דג זכר. מכיוון שעמד שם ברווח ולא חש במצוקה מספקת כדי לעורר את לבו לתפילה, רמז ה׳ לדג שיקיא אותו אל תוך פיה של דגה נקבה. בטנה של דגה זו הייתה מלאה ברבבות ביצים ועוברים, מה שיצר עבור יונה דוחק עצום וצפיפות בלתי נסבלת. רק מתוך הדחק והצרה הזו, התעורר יונה להתפלל [מצודת דוד, חומת אנך, ביאור שטיינזלץ]. לפיכך, המילה הַדָּגָה מתפרשת כשם קיבוצי המעיד על כך שבמעיה היה אוסף גדול של דגים רבים [מלבי"ם].