ממעמקי הים החשוכים והסגורים בוקעת תחושת אפסיות מוחלטת שמתחלפת לפתע בהכרה של נס והצלה. יונה מוצא את עצמו בנקודה הנמוכה ביותר האפשרית, הן פיזית והן נפשית, אך דווקא מתוך התהום הוא מזהה את יד ה' המושה אותו ממוות לחיים.
הפרשנים מסכימים כי המילים לְקִצְבֵי הָרִים מתארות את קרקעית הים, היסודות והשורשים של ההרים הנעוצים במצולות. המילה לְקִצְבֵי מבטאת קצה וסוף, ונגזרת מפעולת חיתוך העץ, כלומר המקום שבו ההר נחתך ומסתיים [מצודת ציון, אבן עזרא, רד"ק]. יונה מתאר כיצד שקע אל עומק התהום שתחת ההרים המכסים את המצולות [מלבי"ם, רש"י].
מתוך תהום זו, יונה חש תחושת מחנק וניתוק מוחלט, ומתאר זאת במילים הָאָרֶץ בְּרִחֶיהָ בַעֲדִי לְעוֹלָם. המילה בְּרִחֶיהָ מדמה את הארץ לשער נעול בבריח, והמילה בַעֲדִי משמעותה כנגדי או סביבי [מצודת ציון, רש"י]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שיונה חשב שהיבשה ננעלה בפניו לנצח, וכאילו הארץ עצמה סגרה עליו מלמעלה ולא תאפשר לו לעולם לצוף ולשוב אליה [רש"י, מצודת דוד, מלבי"ם, אבן עזרא, רד"ק]. מזווית מעט שונה, תחושת הסגירות הזו ממחישה ליונה שאין לו לאן לברוח מפני ה', שכן הארץ כולה משמשת ככלא סגור ומסוגר שמונע את בריחתו [אברבנאל].
אולם מתוך הייאוש עולה נקודת האור במילים וַתַּעַל מִשַּׁחַת חַיַּי. המילה מִשַּׁחַת משמעותה בור, חפירה או קבר [מצודת ציון, רד"ק], והמילה חַיַּי רומזת באופן ציורי לנשמתו של יונה [אבן עזרא]. הפרשנים מסבירים כי עצם העובדה שיונה שרד ונותר בחיים בתוך מעי הדג, גורמת לו להבין שה' הציל אותו מאבדון ומוות ודאי, ומעניקה לו תקווה לבקש הצלה שלמה ולשוב אל היבשה [רד"ק, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ, מלבי"ם].
ההצלה הפיזית מלווה גם בהתעלות רוחנית. למרות שיונה ראה את עצמו בשאול תחתית, הוא חש כעת שה' העלה אותו משם והציב אותו מבחינה רוחנית ממש מתחת להיכל הקודש שבירושלים [רש"י]. פרשנות ייחודית נוספת קושרת את ההצלה הזו לעברו של יונה, ומסבירה כי בתוך מעי הדג נזכר יונה בנס ילדותו, עת הוקם לתחייה ממוות על ידי אליהו הנביא. זיכרון זה של הצלת חייו מן הקבר בעבר, נותן לו את הביטחון המלא שתפילתו תבקע השמימה ותישמע גם עתה [אברבנאל].