ברגעי המשבר העמוקים ביותר, כאשר המוות נראה קרוב מתמיד, מתרחשת תפנית תודעתית. מתוך תחושת אובדן החושים והמצוקה, עולה הזיכרון שמניע את האדם לשוב לבוראו ולשאת תפילה שחוצה את גבולות המצולות.
המילים בְּהִתְעַטֵּף עָלַי נַפְשִׁי מתפרשות על ידי רוב הפרשנים כביטוי לחולשה, עילפון וייסורי נפש. מצב זה מתאר צרה כה גדולה עד שהאדם מרגיש מעונה, כפוף ומכווץ בתוך עצמו, כאילו הוא עטוף בחולשתו [מצודת ציון, רד"ק]. מבחינה מעשית, תחושה קשה זו נבעה מכך שיונה חשב שהוא הולך למות מיד עם בליעתו [רד"ק], או משום שהגיע לסכנת מוות של ממש עקב הלחץ והדוחק הפיזי שגרמו הוולדות שבמעי הדגה [מלבי"ם].
דווקא מתוך אותה מצוקה קיומית, אֶת־ה' זָכָרְתִּי. הזיכרון הזה הוביל את יונה להתפלל, לחזור בתשובה ולהבטיח שיקיים את דבר ה' ואת שליחותו [מלבי"ם]. התוצאה של פעולה זו היא וַתָּבוֹא אֵלֶיךָ תְּפִלָּתִי. עצם העובדה שיונה שרד ונשאר בחיים בתוך מעי הדג, היא זו שהוכיחה לו כי תפילתו נשמעה והתקבלה [רד"ק].
באשר ליעדה של התפילה, אֶל־הֵיכַל קָדְשֶׁךָ, קיימות שתי גישות מרכזיות. לפי הגישה הראשונה, הכוונה היא לשמים, שהם מעון קודשו של ה' [מצודת דוד, רד"ק]. לעומת זאת, יש המפרשים כי הכוונה היא לבית המקדש הפיזי שבירושלים. על פי מסורת חז"ל, הדג צלל עד לתהום הנמצאת ממש מתחת להר ציון שעליו עומד המקדש, ולכן תפילתו של יונה בבקעה ממעמקים ועלתה ישירות להיכל הקודש שמעליו [מלבי"ם].