תיאור טביעתו של יונה והימצאותו במעי הדג ממחיש את סכנת המוות שבה היה שרוי, לצד המראות שחווה במצולות הים.
המילים אֲפָפוּנִי מַיִם עַד נֶפֶשׁ מתארות כיצד המים הקיפו ועטפו אותו מכל עבר [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ], עד שהגיע למצב של גסיסה וכמעט יצאה נשמתו [אבן עזרא, רד"ק, מצודת דוד]. יש הסבורים כי תיאור זה מתייחס לרגע שבו הדג פלט את יונה חזרה אל תוך המים, אך לא אל פני הים אלא אל מעמקי המצולות [מלבי"ם].
המשך הפסוק, תְּהוֹם יְסֹבְבֵנִי, מהווה כפל עניין המחזק את תיאור הטביעה [מצודת דוד], וכן בא להדגיש שהדג צלל עמו עד לקרקעית הים העמוקה ביותר ושחה במהירות ממקום למקום [מצודת ציון, אברבנאל].
הצלע החותמת את הפסוק, סוּף חָבוּשׁ לְרֹאשִׁי, מציגה את המילה חבוש במשמעות של קשור ועטוף [מצודת ציון]. באשר למשמעות המילה סוף, קיימות שתי גישות עיקריות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה מתייחסת לצמחי מים, קנים או אצות הגדלים בקרקעית הים ובתחתית ההרים [רד"ק, מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. לפי פירוש זה, בעת שהדג שחה במעמקים, צמחי המים נכרכו סביב ראשו של הדג. מכיוון שיונה היה כלוא במעיו, הוא מתאר את האצות שנקשרו על ראש הדג כאילו נכרכו על ראשו שלו [רד"ק, מצודת דוד, אברבנאל].
מנגד, קיימת גישה המפרשת את המילה סוף כהתייחסות לים סוף. במסגרת גישה זו יש שהסבירו זאת מבחינה גיאוגרפית, בטענה שמימי ים סוף מתערבבים עם מימי הים של יפו [רד"ק, אברבנאל], או שהדג הוביל את יונה דרך ים סוף לכיוון נינוה, ומי הים היו מעל ראשו בעודו שוהה בתהום [מלבי"ם]. פירוש נוסף מציג תמונה ניסית, ולפיה ה׳ הראה ליונה מתוך מעמקי הים את ים סוף ואת האופן שבו בני ישראל עברו בתוכו. הדבר התאפשר משום שעיני הדג שימשו עבור יונה כשני חלונות שדרכם יכול היה להביט ולראות את כל המתרחש במרחבי הים [רש"י].