תפילתו של יונה בוקעת מתוך תהומות הייאוש, אך היא רוויה בביטחון עמוק ובהכרה נבואית ברורה כי ישועתו קרובה. אף על פי שהפסוק מנוסח בלשון עבר, הפרשנים מסכימים כי יונה מביע כאן ביטחון מוחלט בכך שה׳ יענה לו. מכיוון שיונה ראה שהוא נותר בחיים בתוך מעי הדג במשך ימים, הוא הבין כי מובטח לו שיצא משם בשלום [רד"ק, מצודת דוד], וכנביא הוא חש בבירור שתפילתו אכן מתקבלת [ביאור שטיינזלץ].
הפרשנים עומדים על התהליך הנפשי שהוביל לזעקה זו. בתחילה, כאשר נבלע על ידי דג זכר, יונה השלים עם מותו הצפוי ולא התפלל. אולם, כאשר הועבר אל בטן דגה נקבה, שם היה המקום צר ומייסר יותר, הוא הבין כי פלא הישרדותו והשינוי במצבו נועדו לעורר אותו. ה׳ כביכול התאווה לתפילתו, והצרה החדשה נועדה לגרום לו לזעוק לישועה [חומת אנך]. יש המבארים כי התפילה כולה מחולקת לשלבים, ומתארת את הפעמים השונות שבהן הושלך אל הים, נבלע על ידי הדג והדגה, וניצל [מלבי"ם].
יונה פותח ואומר קָרָאתִי מִצָּרָה לִי, כלומר זעקתי אל ה׳ מתוך המצוקה החדשה והייסורים שהתעוררו בי במעי הדגה [חומת אנך]. הוא מוסיף ומתאר את מקומו: מִבֶּטֶן שְׁאוֹל שִׁוַּעְתִּי. המילה שִׁוַּעְתִּי משמעותה זעקתי וצעקתי [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. הדימוי של שְׁאוֹל מבטא מקום עמוק ביותר, שהוא ההפך המוחלט מרוֹם השמיים [אבן עזרא]. מעי הדג נדמו עליו כעומק הקבר וכמקום אבדון המוכן להשחיתו [רש"י, מצודת דוד, מלבי"ם, מצודת ציון]. למרות הימצאותו במעמקים החשוכים ביותר, יונה חותם בביטחון גמור ואומר לה׳: שָׁמַעְתָּ קוֹלִי [מצודת דוד].