לאחר סערת הים וההצלה הפלאית ממעי הדגה, הקשר הנבואי בין ה' ליונה מתחדש, אך הוא נושא עמו משמעויות מורכבות של חסד לצד דין.
הפרשנים מסכימים כי המילה שנית מציינת בפשטות את חידוש השליחות המקורית אל העיר נינוה, כדי להזהיר את תושביה שעליהם לחזור בתשובה, לאחר שהשליחות הופסקה בעקבות בריחת הנביא [מצודת דוד, אבן עזרא, צאינה וראינה]. עצם התרחשות הנבואה מחוץ לגבולות ארץ ישראל אינה מובנת מאליה. יכולתו של יונה להתנבא כעת בחוץ לארץ נובעת אך ורק מכך שכבר זכה להתנבא קודם לכן בתוך ארץ ישראל. אף על פי שיציאה מהארץ גורמת לירידה ולפגם מסוים במדרגתו הרוחנית של האדם, הקניין הרוחני שרכש בארץ אינו נמחק, והוא נותר במדרגה עליונה משאר תושבי המדינות [חומת אנך].
לצד ההסבר הפשטני, מתגלה רובד עמוק וביקורתי יותר במילה שנית. הדיוק במילה זו מלמד שהנבואה ניתנה ליונה פעם שנייה, אך לא פעם שלישית. יונה, שהעדיף להגן על עם ישראל ובכך פגע בכבודו של ה', נענש במידה כנגד מידה: מכיוון שברח בתחילה מן הנבואה ובעט בה, הנבואה ברחה ממנו לבסוף ולא שבה אליו עוד. אף על פי שעל פי המסורת יונה האריך ימים וחי למעלה ממאה שנים, לא מצינו שקיבל נבואות נוספות בכל אותה תקופה ארוכה, מלבד שתי קריאות אלו הנוגעות לנינוה [אברבנאל, מלבי"ם]. גישה זו ממחישה כיצד סירובו הראשוני של הנביא הותיר חותם בלתי מחיק על המשך דרכו הרוחנית, והוא זה שמנע מעצמו את המשך קבלת השפע הנבואי.