לאחר התנגדותו הראשונית, יונה נענה לצו האלוהי ויוצא למסע אל עיר עצומת ממדים. מסע זה ארך ככל הנראה חודשים אחדים, שכן יונה נפלט אל חופי הים התיכון, במרחק טבעי רב מאוד מן העיר [ביאור שטיינזלץ].
על המילים וַיֵּלֶךְ אֶל נִינְוֵה כִּדְבַר ה' מוסבר כי יונה בחר לקיים כעת רק את הציווי השני שקיבל מאת ה' ולנבא על גזר הדין והחורבן, ולא את הציווי הראשון להוכיח את העם. יונה סבר כי משעה שנגזרה הגזירה, התשובה כבר לא תועיל [מלבי"ם]. הרקע להצלחת שליחותו ולאמונתם המהירה של אנשי נינוה טמון בכך שמלחי האונייה שעליה שהה יונה הגיעו לעיר לפניו, סיפרו את קורותיו, ובכך סללו את הדרך לאמונתם בו [אבן עזרא].
הכתוב מתאר את נינוה כעִיר גְּדוֹלָה לֵאלֹהִים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שזהו ביטוי מקראי שנועד לתאר גודל עצום וחסר תקדים, בדומה לביטויים כמו "ארזי אל" או "הררי אל". לצד זאת, קיימת גישה ולפיה העיר אכן הייתה חשובה ויקרה בעיני ה', ומשום כך הוא חס עליה בסופו של דבר ונמנע מהשחתתה [מלבי"ם].
גודלה של העיר מתואר כמַהֲלַךְ שְׁלֹשֶׁת יָמִים, כלומר שיעור מרחק הליכה של שלושה ימים [מצודת דוד]. מאחר שבאותה תקופה לא הייתה בנייה לגובה, העיר השתרעה לרוחב על פני שטח נרחב [ביאור שטיינזלץ]. יש המדייקים כי שלושת הימים מתארים את הזמן הנדרש כדי להקיף את העיר כולה מסביב, בעוד חצייתה מקצה לקצה ארכה יום אחד בלבד. לחלופין, ייתכן שהכתוב מציין כי יונה נכנס אל תוך העיר והלך בה מרחק של יום אחד בלבד כדי לקרוא את נבואתו [אבן עזרא].