תיאור נחלת שבט אפרים חושף גבול מורכב וייחודי, המשלב מובלעות של ערים בתוך שטח השבט השכן, מנשה. נקודת המוצא בחלק זה היא מִתַּפּוּחַ, עיר הממוקמת סמוך לירדן ומדרום למכמתת. הפרשנים מסכימים כי במקום זה נוצר מצב גיאוגרפי מיוחד: אף על פי שארץ תפוח והשטח שמצפון לעיר השתייכו לשבט מנשה, העיר תפוח עצמה הייתה שייכת לאפרים. מנקודה זו מתחילה שרשרת של "ערים מבדלות", כלומר ערים שהוקצו לאפרים בתוך גבולו הדרומי של מנשה, מאחר שהרצף הטריטוריאלי של אפרים נקטע באזור זה [מלבי"ם].
משם יֵלֵךְ הַגְּבוּל יָמָּה, כלומר לכיוון מערב, אל נַחַל קָנָה. קו הגבול באזור הנחל עבר במדויק מצדו הדרומי, כך שהשטח שמצפון לנחל השתייך למנשה, ואילו השטח שמדרום לו נותר בידי אפרים [מצודת דוד, מלבי"ם]. המשך הגבול, וְהָיוּ תֹצְאֹתָיו הַיָּמָּה, מלמד שסופו של תוואי זה מגיע עד לים התיכון [ביאור שטיינזלץ]. המילה זֹאת המסכמת את הפסוק, באה ללמד כי כל תוואי הגבול שתואר בפסוקים הקודמים הוא המקיף את נחלת שבט אפרים כולה, כפי שחולקה לכל משפחה ומשפחה בתוך השבט [מצודת דוד].