תהליך שריפת הפרה האדומה מציג השמדה מוחלטת וטוטאלית של הקורבן, הכוללת את כל מרכיביו ללא יוצא מן הכלל, באופן שחורג מהנהוג בשאר קורבנות.
פעולת השריפה מתבצעת על ידי כוהן המיועד לכך, אך הכתוב מדגיש כי היא חייבת להיעשות לְעֵינָיו – תחת פיקוחו והשגחתו הישירה של אלעזר הכוהן [רשב"ם, אבן עזרא, בכור שור, חזקוני, ברכת אשר]. בנוסף, מיקום השריפה צריך להיות מכוון בדיוק מול פתח אוהל מועד [תורה תמימה, אדרת אליהו]. הפרשנים רואים במילה לְעֵינָיו גם דרישה לריכוז מוחלט; על הכוהן השורף חל איסור חמור להסיח את דעתו מן המלאכה או לעסוק בעבודה אחרת במקביל [תורה תמימה, רלב"ג, מלבי"ם, אדרת אליהו].
באשר לאופן השריפה, הגישה המרכזית קובעת כי האידיאל הוא לשרוף אֶת־הַפָּרָה כשהיא שלמה לחלוטין, בדומה לאופן שחיטתה [תורה תמימה, אדרת אליהו]. עם זאת, אם הפרה הופשטה מעורה ונותחה לנתחים, היא עדיין כשרה, ובלבד שכל חלקיה יישרפו יחד [אור החיים, רש"ר הירש]. השריפה כולה חייבת להתבצע במוקד אש אחד ולא להתפצל למספר מוקדים [רלב"ג, רש"ר הירש, אדרת אליהו]. כפילות השורש ש.ר.פ בתחילת הפסוק ובסופו (וְשָׂרַף, יִשְׂרֹף) מלמדת על הצורך להרבות בעצים כדי להבטיח אש גדולה ומכלה [קיצור בעל הטורים, אדרת אליהו, מלבי"ם]. לפי גישה נוספת, פעולה זו מזכירה את שריפת עגל הזהב ומהווה כפרה על חטא זה [רש"י].
הפסוק מפרט את חלקי הפרה: אֶת־עֹרָהּ וְאֶת־בְּשָׂרָהּ וְאֶת־דָּמָהּ עַל־פִּרְשָׁהּ. המילה פִּרְשָׁהּ מתארת את הפסולת והזבל שבתוך מעיה [ביאור יש"ר, ביאור שטיינזלץ], והמילה עַל משמעותה כאן "עם" – יחד עם פרשה [רלב"ג, ביאור שטיינזלץ]. שילוב הדם בשריפה הוא יוצא דופן, שכן בדרך כלל דם הקורבנות ניתן על המזבח. כדי לקיים ציווי זה, לאחר שהכוהן מסיים להזות מדם הפרה, הוא מקנח את ידו על גופה או על שערה, כדי ששאריות הדם יישרפו יחד איתה [תורה תמימה, צפנת פענח, מלבי"ם, אדרת אליהו].
הפירוט המדוקדק של איברי הפרה נועד ללמד שכל פרט מגופה חייב להישרף. אם במהלך השריפה פקעו וקפצו מן האש חלקי עור, בשר או דם – אפילו בשיעור קטן של כזית או שערה בודדת – חובה להחזירם מיד אל המערכה [אור החיים, תורה תמימה, רלב"ג, מלבי"ם]. קיימת מחלוקת לגבי איברים שלא הוזכרו במפורש בפסוק: יש הסבורים כי אם עצמות, קרניים או טלפיים קפצו מן האש, אין חובה להחזירם [תורה תמימה, רלב"ג, מלבי"ם], בעוד אחרים טוענים כי המילים המפורשות כוללות בתוכן גם את השיער, העצמות, הקרניים והטלפיים, ועל כן כולם מעכבים את התהליך וחיבים להישרף [חזקוני].
ברובד הרעיוני, תהליך שריפת הפרה מסמל את הכנעת החומר והתאוות הגופניות של האדם. המילה לְעֵינָיו מרמזת כי התאוות מתחילות בראיית העיניים. חלקי הפרה מייצגים את כוחות האדם: עֹרָהּ הגלוי מסמל את המעשים הפיזיים; בְּשָׂרָהּ המוסתר חלקית מסמל את הדיבור; ודָּמָהּ החבוי עמוק בגוף מסמל את המחשבה. האדם נדרש "לשרוף" ולבער את הנטיות השליליות בכל השכבות הללו. הדרך להתגבר על יצר החומר היא באמצעות התבוננות עַל־פִּרְשָׁהּ – זיכרון העובדה שסופן של כל התאוות הגשמיות הוא כפסולת וכזבל נמאס, הבנה המסייעת לאדם למאוס בהן ולהזדכך [אדרת אליהו לבן איש חי].