תהליך הכנת מי החטאת מהווה את נקודת השיא בטיהור מטומאת מת. שלב זה הופך את האפר הגולמי לחומר מטהר פעיל, באמצעות שילוב מדויק של חומרים וכוונה אנושית.
הפסוק פותח במילים וְלָקְחוּ ומסיים בלשון יחיד וְנָתַן. המעבר מלשון רבים ללשון יחיד מלמד כי אין חובה שאדם אחד יבצע את כל השלבים. אדם אחד יכול לקחת את האפר ואחר לערבבו במים, או שמספר אנשים יכולים להשתתף בתהליך [תורה תמימה, רש"ר הירש]. כל אדם בוגר ובר דעת, כולל נשים, כשר לפעולה זו, למעט חירש, שוטה וקטן [תורה תמימה, אדרת אליהו].
לקיחת האפר לַטָּמֵא חייבת להיעשות במיוחד לצורך הטהרה, ולקיחת אפר ללא מטרה זו פוסלת אותו [העמק דבר]. עם זאת, הכוונה יכולה להיות כללית עבור כל אדם טמא שיזדקק לכך, ואין חובה לייעד את האפר לאדם טמא מסוים מראש [רלב"ג, אדרת אליהו].
אף על פי שהחומר הנלקח הוא אפר, התורה מכנה אותו מֵעֲפַר שְׂרֵפַת הַחַטָּאת. הסיבה לכך היא שאפר שנשחק ונטחן דק מקבל תכונות פיזיות הדומות לעפר הארץ [תורה תמימה, ביאור יש"ר]. בנוסף, שינוי הלשון בא ללמד שגם אם חלף זמן רב והאפר שינה את מראהו עד שהוא נראה כעפר רגיל, הוא עדיין כשר לטיהור [רלב"ג].
המים המשמשים לטהרה חייבים להיות מַיִם חַיִּים, כלומר מי מעיין טבעיים ונובעים, בניגוד למי בור עומדים הנחשבים מים מתים. הדרישה לחיות המים שוללת גם מים שעברו שינוי כימי או פיזי טבעי, כגון מים מלוחים, מרים או חמים, הנחשבים מים "מוכים" או פגומים [הכתב והקבלה, רש"ר הירש, מלבי"ם].
שאיבת המים חייבת להיעשות ישירות אֶל כֶּלִי תקין, מה שמוציא מכלל אפשרות שימוש בשוקת החצובה בסלע הטבעי [אדרת אליהו, רש"ר הירש]. קיימת מחלוקת לגבי העברת המים: יש הסוברים כי חיות המים צריכה להישאר בכלי הראשון שאליו נשאבו ואין להעריקם לכלי אחר [קיצור בעל הטורים], בעוד אחרים מתירים להעביר את המים לכלי שני, כל עוד נשמרת הכוונה המקורית לשם מצוות פרה אדומה [רלב"ג].
הלכה מרכזית המוסכמת על רוב הפרשנים היא שסדר הפעולות קריטי: חובה לתת תחילה את המים בתוך הכלי, ורק לאחר מכן להוסיף את האפר. מתן האפר בכלי תחילה ושפיכת המים עליו פוסלים את התהליך. אם כן, כיצד מתיישבת הלכה זו עם פשט הפסוק וְנָתַן עָלָיו המרמז לכאורה על שפיכת מים על האפר? הפרשנים מציעים מספר דרכים ליישב זאת:
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה "עליו" מתייחסת לפעולת העירוב – יש לתת את האפר על המים שבכלי, ולערבב אותם היטב עד שהמים יצופו ויכסו את האפר [רמב"ן, טור הארוך, תורה תמימה].
גישה אחרת מסבירה שהמילה "עליו" אינה מתייחסת לאפר, אלא לאדם הטמא המוזכר בתחילת הפסוק. כלומר, יש לתת את המים בכלי בשבילו ולמענו של הטמא [הכתב והקבלה].
בדומה לכך, יש המפרשים שהמים ניתנים אל הכלי בעבור האפר שעתיד להיות מונח בתוכם [רלב"ג].
הכנסת האפר למים חייבת להיעשות מתוך כוונה ובכוח אדם ישיר; אם האפר נפל למים מעצמו, התערובת פסולה [תורה תמימה, רש"ר הירש]. יתרה מזאת, חל איסור מוחלט על העוסק בשאיבת המים וקידושם לעשות כל מלאכה אחרת במקביל, כדי להבטיח ריכוז וכוונה טהורה ובלעדית לתהליך [רלב"ג, אדרת אליהו].
ברובד הרעיוני והסמלי, מוצאים הפרשנים בפסוק משמעויות עמוקות. המים החיים משמשים כדימוי נפוץ לתורה, בעוד הכלי מסמל את גוף האדם. כשם שיש להכין כלי ראוי כדי להכיל את המים המטהרים, כך על האדם להכין ולזכך את גופו כדי שיוכל לקבל לתוכו את מימיה החיים של התורה [פני דוד, דעת זקנים]. בנוסף, המפגש בין המים החיים, המייצגים חסד אלוהי עליון, לבין אפר החטאת, המייצג דין, הוא סוד הטהרה. המים מסירים את כוחות הטומאה שדבקו באפר, ובכך הופכים אותו מגורם מטמא לכוח שמסוגל להעניק טהרה וחיים [רקנאטי].