תהליך הכנתה של הפרה האדומה מורכב משורת ציוויים ייחודיים וחריגים, המבדילים אותה מכל שאר הקורבנות. עבודתה דורשת בידוד מוחלט, ריכוז מחשבתי עמוק והרחקה אל מחוץ לגבולות המקדש, הכל במטרה להשיג את התכלית של טהרה מטומאת מוות.
הציווי וּנְתַתֶּם אֹתָהּ אֶל אֶלְעָזָר הַכֹּהֵן מופנה אל משה ואהרן יחד, כדי לשתף גם את אהרן במצווה ולאפשר לו לקחת חלק בכפרה זו [העמק דבר, ביאור יש"ר]. עם זאת, ביצוע המעשה בפועל הוטל דווקא על אלעזר, שהיה סגן הכוהנים, ולא על אהרן הכהן הגדול. הפרשנים מציעים מספר טעמים להפקעת העבודה מאהרן: ראשית, מאחר שאהרן היה מעורב בחטא העגל, והפרה האדומה באה לכפר על חטא זה, פועל כאן הכלל לפיו "אין קטיגור נעשה סניגור" – מי שהיה קשור לחטא אינו יכול להיות זה שמביא את הכפרה עליו [רש"י, כלי יקר, רבנו בחיי]. אמנם כלל זה תקף בדרך כלל רק בתוך המקדש, אך מכיוון שהפרה מכפרת על החטא עצמו, הכלל נשמר גם בחוץ [גור אריה]. שנית, עבודת הפרה נעשית מחוץ למקדש ומטמאת את העוסקים בה, ולכן לא ראוי שכהן גדול, שהוא קדוש לה', ייטמא בעבודת חוץ שכזו הפוחתת מכבודו [רמב"ן, טור, בכור שור, חזקוני]. טעם נוסף הוא שהדבר נועד לחנך ולהכתיר את אלעזר לתפקידי כהונה גדולה עוד בחיי אביו [רמב"ן, טור]. גישה הלכתית ייחודית מסבירה שאהרן התקדש מיד ככהן גדול ולא שימש מעולם ככהן רגיל (כהן הדיוט), ואילו עבודת הפרה דורשת אדם שיש לו גדר של כהן הדיוט [צפנת פענח].
הדגשת המילה אֹתָהּ מלמדת שרק פרה ראשונה זו במדבר נעשתה בהוראת שעה על ידי סגן הכהנים [רש"י, אור החיים, חזקוני, מזרחי, אדרת אליהו, משכיל לדוד]. לגבי הדורות הבאים קיימת מחלוקת: יש הסוברים ששאר הפרות נעשות דווקא בכהן גדול [רמב"ן, טור, אדרת אליהו, רש"ר הירש], ויש הסוברים שהן כשרות גם בכהן הדיוט [רלב"ג, אבן עזרא, תורה תמימה].
ההוראה וְהוֹצִיא אֹתָהּ אֶל מִחוּץ לַמַּחֲנֶה קובעת כי בניגוד לשאר הקורבנות המוקרבים בתוך המקדש ומכפרים על שגגות הניתנות לתיקון, הפרה האדומה נועדה לטהר מטומאת מת החמורה שיש להשמידה כליל, ולכן מקומה מחוץ לקדושת המחנה [חומש קה"ת]. הכתוב מתכוון להוצאה אל מחוץ לשלוש מחנות (מחנה שכינה, מחנה לוויה ומחנה ישראל), כאשר בירושלים הכוונה היא אל הר הזיתים הנמצא במזרח, מחוץ לחומות העיר [רש"י, מזרחי, ברטנורא, אדרת אליהו, רש"ר הירש]. גם כאן, המילה אֹתָהּ באה למעט וללמד שיש להוציא את הפרה לבדה, מבלי לצרף אליה פרה אחרת או בהמה אחרת, כדי שלא ייווצר בלבול בקרב הרואים ויחשבו שבהמה אחרת נשחטה [תורה תמימה, רלב"ג, אדרת אליהו, מלבי"ם, רש"ר הירש]. יש מפרשים שפעולת ההוצאה עצמה יכולה להיעשות גם על ידי אדם זר שאינו כהן [חזקוני, אבן עזרא, ביאור יש"ר].
בנוגע לביצוע השחיטה, המילים וְשָׁחַט אֹתָהּ לְפָנָיו מעוררות דיון. גישה אחת מפרשת שהמילה "לפניו" (לפני אלעזר) מוכיחה שאדם אחר, ואפילו איש זר שאינו כהן, הוא ששוחט את הפרה, בעוד אלעזר עומד, רואה ומשגיח על המעשה [רש"י, שפתי חכמים, אבן עזרא, חזקוני, משכיל לדוד]. מנגד, יש הסוברים שזר פסול לשחיטה, ואלעזר עצמו חייב לשחוט [העמק דבר, אדרת אליהו, רש"ר הירש]. לפי גישה זו, המילה "לפניו" באה ללמד על חובת הריכוז הפנימי, על השוחט לדאוג שהפרה תהיה תמיד במחשבתו, ואסור לו להסיח את דעתו ממנה במהלך העבודה [תורה תמימה, העמק דבר, חזקוני, מזרחי, מלבי"ם, רש"ר הירש].
המילה וְשָׁחַט באה להדגיש שיש צורך בשחיטה כשרה דווקא, ואם הפרה הומתה בדרך אחרת, כגון עריפה, היא נפסלת, וכן מובא ששחיטה זו פסולה באשה [תורה תמימה, מלבי"ם]. שוב, הדיוק במילה אֹתָהּ מלמד שאין לשחוט עמה בהמה נוספת, וכי כל עשיית מלאכה אחרת במקביל לשחיטתה (כמו חיתוך ירק) פוסלת את הפרה, שכן המלאכה גורמת להסיח את הדעת מהייעוד המיוחד והבלעדי שלה [תורה תמימה, רלב"ג, אדרת אליהו, מלבי"ם, רש"ר הירש].