החוקיות המרכזית והפלאית של טקס הפרה האדומה טמונה בכך שאפר הפרה מטהר את הטמאים, אך בה בעת מטמא את הטהורים העוסקים בו. הכהן הטהור נדרש לצאת מחוץ למחנה ולוותר על טהרתו האישית כדי לטהר את אחיו. מסירות נפש אלטרואיסטית זו, שבה הכהן מניח את האינטרס הרוחני שלו בצד למען הזולת, היא זו שמעוררת את קדושת ה׳ ומאפשרת את פעולת הטהרה [חומש קה"ת]. טעם נוסף לטומאה זו הוא שהטמא למת נתקף בחרדה ובבדידות נוכח המוות, וכאשר העוסקים בטהרתו נטמאים בעצמם, הם מפגינים כלפיו אחוה ורעות המפיגות את בדידותו [קונטרס חיבה יתירה]. מנגד, יש הסבורים כי הטומאה נועדה למנוע מאנשים להזות על עצמם את האפר ללא צורך, רק כדי להתגאות בפרישותם וטהרתם [בכור שור]. כמו כן, מאחר שהפרה שואבת אליה את כוחות הטומאה כדי לבטלם, העוסק בה נדבק מאותה טומאה [רקנאטי].
הכתוב פותח במילים וְכִבֶּס בְּגָדָיו הַכֹּהֵן. המילה הַכֹּהֵן מתייחסת ספציפית לכהן שהשליך את עץ הארז, האזוב ושני התולעת אל תוך האש [רש"ר הירש, ביאור יש"ר, חזקוני, מלבי"ם], כאשר הוא מקפיד להיות לבוש בבגדי כהונה [תורה תמימה]. עם זאת, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שדין זה נכון לכל מי שעוסק בפרה מתחילת התהליך ועד סופו, כגון השוחט, השורף והאוסף. כל עוד הם עוסקים בפרה כהלכתה, הם נטמאים [רלב"ג, רש"ר הירש, בכור שור, אדרת אליהו, מלבי"ם].
תהליך הטהרה דורש שני שלבים. השלב הראשון הוא וְכִבֶּס בְּגָדָיו, וכאן אין הכוונה לכיבוס רגיל, אלא לטבילת הבגדים וכל הכלים שנגע בהם במי מקווה [רש"ר הירש, אדרת אליהו]. השלב השני הוא וְרָחַץ בְּשָׂרוֹ בַּמַּיִם, כלומר טבילת כל גופו כאחד במי מקווה כשר [ביאור שטיינזלץ, אדרת אליהו].
לאחר מכן נאמר וְאַחַר יָבֹא אֶל הַמַּחֲנֶה. הפרשנים מסכימים כי מדובר ב"מחנה שכינה" (אזור המקדש), שכן על פי ההלכה, טמא מת אינו מגורש ממחנה ישראל או ממחנה לוויה, אלא רק ממחנה שכינה. מי שמגורש מכל המחנות הם רק טמאים שטומאתם יוצאת מגופם, כגון זב, בעל קרי ומצורע [רש"י, ריב"א, שפתי חכמים, מזרחי, גור אריה, משכיל לדוד]. הכהן זקוק לטהרה זו דווקא מתוקף תפקידו, כדי שיוכל להיכנס למקדש ולאכול מתרומות וקדשים [רש"ר הירש]. ברובד הסמלי, החזרה אל המחנה מסמלת את שיבתו של האדם אל "מחנה הצדיקים" לאחר שעשה תשובה [שפתי כהן].
סוף הפסוק מציב קושי כרונולוגי והגיוני במילים וְטָמֵא הַכֹּהֵן עַד הָעָרֶב. אם הכהן כבר טבל והותר לו לבוא אל המחנה, כיצד ייתכן שהוא עדיין טמא עד הערב ואינו יכול לאכול בקדשים? בעקבות קושי זה, רוב הפרשנים קובעים כי יש לקרוא את הפסוק בסדר הפוך (לסרס את המקרא): הכהן יהיה טמא עד הערב, ורק לאחר שקיעת החמה מותר לו לבוא אל המחנה [רש"י, שפתי חכמים, מזרחי, הכתב והקבלה, אדרת אליהו, מלבי"ם, גור אריה, ברכת אשר]. טבילת הגוף והמתנה לערב הם שני תנאים המעכבים את כניסתו [הכתב והקבלה, אדרת אליהו].
מנגד, יש המפרשים את הפסוק כפשוטו, ללא שינוי הסדר: מיד לאחר שריפת הפרה, משנסתיימה עבודתו של הכהן והוא טבל, הוא רשאי לחזור ל"מחנה ישראל" שממנו אין טמא מת מורחק, אך הוא עדיין נחשב טמא לעניין אכילת קדשים וכניסה למקדש עד שקיעת החמה [ביאור יש"ר, העמק דבר, אבן עזרא].