הכנת אפר פרה אדומה אינה מסתכמת בשרפת הפרה לבדה, אלא דורשת הוספה של שלושה מינים ייחודיים אל תוך האש, אשר יחד יוצרים את החומר המטהר.
הפעולה מוטלת על הַכֹּהֵן, שלדעת חלק מהמפרשים הכוונה היא לאלעזר הכהן [ביאור יש"ר, בכור שור], ועליו לבצע זאת כשהוא לבוש בבגדי כהונה [רש"ר הירש]. התורה מדגישה את מעורבות הכהן בשלב זה כדי ללמד שעל אף שהעץ, האזוב והתולעת אינם חלק מגוף הפרה, השלכתם היא עבודה המצריכה כהן [ספרי].
הכהן לוקח שלושה פריטים, בדומה לתהליך טהרתו של המצורע [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]:
עֵץ אֶרֶז – עליו להיות מלב הארז ולא סתם עץ או עלים [אדרת אליהו], ובגודל של טפח לפחות [רש"ר הירש].
וְאֵזוֹב – נדרשים שלושה קלחים של אזוב [תורה תמימה, צפנת פענח]. עליו להיות אזוב פשוט ורגיל, ללא כל שם לווי המעיד על מקום גידולו או סוגו, כגון אזוב רומי או מדברי [חולין, אדרת אליהו, מלבי"ם].
וּשְׁנִי תוֹלָעַת – צמר הצבוע בצבע אדום ויציב המופק מתולעת [רלב"ג, רש"ר הירש]. הצבע צריך להיות הצביעה הראשונה והמקורית של התולעת, ולא צבע משומש או כזה שנוסה קודם לכן [אדרת אליהו].
הפרשנים מסכימים כי שלושת המינים הללו מעכבים זה את זה, ויש לכרוך אותם לאגודה אחת באמצעות שיירי חוט הצמר האדום [רש"ר הירש, מלבי"ם].
לאחר מכן הכהן לוקח את האגודה וְהִשְׁלִיךְ אֶל תּוֹךְ האש. ההשלכה צריכה להיות מכוונת אל מרכז האש ולא אל צדדיה [העמק דבר]. התורה מדייקת וקובעת את זמן ההשלכה לזמן שְׂרֵפַת הַפָּרָה. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שיש להשליך את המינים כאשר האש כבר אחזה ברוב גוף הפרה והיא מוגדרת כ"שרפה", אך בטרם הפכה לאפר, כך שהיא עדיין קרויה "פרה" [ספרי, רלב"ג, רש"ר הירש]. מנגד, ישנה דעה המדייקת כי רגע ההשלכה הנכון הוא כאשר הפרה נבקעת באש, ואז יש להשליך את המינים ישירות אל תוך בטנה [אדרת אליהו, מלבי"ם]. בסופו של התהליך, האפר המטהר מורכב מתערובת של הפרה, עצי המערכה ושלושת המינים הללו [ביאור שטיינזלץ].
מעבר לפעולה הפיזית, הפרשנים מצביעים על משמעות סמלית עמוקה בבחירת המינים. יש שראו בשלושת המינים רמז לשלושת אלפי האנשים שנפלו בחטא העגל [רש"י]. בנוסף, המינים מסמלים תהליך של כפרה על חטא הגאווה: הארז הוא העץ הגבוה מכל האילנות, והוא מסמל את האדם שהתגאה וחטא. כדי לכפר על כך, עליו להשפיל את עצמו ולהיות עניו כמעמד האזוב והתולעת [רש"י, נחל קדומים]. גישה נוספת רואה בארז הגבוה רמז לגדולת התורה, שנועדה למשוך ולרומם את בעל התשובה בתחילת דרכו, כדי לקרבו לעבודת ה' [ר' יוסף חיים].