ההתבוננות במציאות מציגה בפני האדם פער בלתי נתפס בין הגילויים הפיזיים של הבריאה לבין החוכמה האלוהית המניעה אותם. הפסוק מצביע על שתי רמות שונות של קיום והנהגה: הממד הנגלה לעין והממד הנסתר מהשכל.
הפרשנים מסכימים כי המילה מַעֲשֶׂיךָ מתייחסת לעולם הפיזי, לתופעות הטבע ולסדר הקבוע הגלוי לעין, אשר מתוכם ניתן ללמוד על עוצמתו של ה' בכמות ובאיכות [ביאור שטיינזלץ, מלבי"ם]. לעומת זאת, מַחְשְׁבֹתֶיךָ מייצגות את הרובד הנסתר של ההשגחה, הסיבות ותוכניות הפעולה האלוהיות שמאחורי הקלעים.
ישנה התייחסות לממד המרחבי של תיאור זה: המילה גָּדְלּוּ (אשר האות גימל בה מנוקדת בדגש [מנחת שי]) מבטאת רוממות וגובה, בעוד המילה עָמְקוּ מבטאת את הכיוון ההפוך כלפי מטה. שני המושגים יחדיו באים להמחיש עד כמה דרכי ה' רחוקות, נשגבות והפוכות מיכולת ההשגה האנושית [אבן עזרא, רד"ק].
מתוך ההשוואה בין שני רבדים אלו, עולה קל וחומר לוגי: אם האדם אינו מסוגל להבין או להכיל בשלמות אפילו את עולם הטבע הנגלה לעיניו, על אחת כמה וכמה שאינו יכול להשיג את עומק המחשבות והתוכניות האלוהיות הנסתרות [אלשיך]. מחשבות אלו כוללות שאלות קיומיות עמוקות, כדוגמת הסיבה לכך שהעולם נברא בתזמון מסוים ולא קודם לכן [רד"ק], או תהליכי התיקון והטיהור הנסתרים של הנפש [אלשיך]. אלו הם דברים עמוקים שאין ביכולתו של השכל האנושי הרגיל להבינם [מצודת דוד], אם כי ישנה גישה הגורסת כי סודות אלו אינם חתומים לחלוטין, אלא מתגלים ליחידי סגולה בלבד [מאירי].
להסתרת המחשבות האלוהיות ישנה מטרה תיאולוגית מכוונת בהנהגת העולם. ה' מסתיר את השגחתו מאחורי חוקי הטבע הקבועים כדי לאפשר את קיומה של הבחירה החופשית. אילו ההשגחה הייתה גלויה לחלוטין והרשעים היו באים על עונשם באופן מיידי, הפחד היה מונע מהם לחטוא ולא היה כל משמעות לשכר ועונש. לכן, עומק המחשבה האלוהית מתבטא דווקא בכך שהכסילים רואים את הצלחת הרשעים וטועים לחשוב שהעולם מתנהל מעצמו, בעוד שלמעשה זוהי דרך להביא בסופו של דבר לאובדנם המוחלט של עושי הרע [מלבי"ם].