בסתר הגן הנעול והפורה מסתתר סוד חיותו ויופיו – מקור מים טהור, תמידי ועוצמתי המרווה את הצמחייה ומעניק לה את היכולת להוציא פירות משובחים. מַעְיַ֣ן גַּנִּ֔ים אינו פלג מים קטן, אלא מעיין גדול ומוקף מחיצות, השמור מפני אבק ולכלוך [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. המעיין משמש כבְּאֵ֖ר מַ֣יִם חַיִּ֑ים, כלומר מים נובעים שאינם מכזבים לעולם [מצודת ציון, רלב"ג]. מימיו וְנֹזְלִ֖ים, לשון נטיפה והזלה [מצודת ציון], והם מגיעים מפסגות הר הלְבָנֽוֹן הפוריות. מקור הררי זה מבטיח שהמים יהיו מתוקים ביותר, זורמים בתמידות, ונקיים לחלוטין מכל עכירות של טיט [רש"י, מצודת דוד, רלב"ג, ביאור שטיינזלץ].
ברובד הרוחני, מציגים הפרשנים את הפסוק כתיאור של השפע האלוהי ומהות הנפש, תוך הצבעה על הבדל עמוק בין סוגי מקורות המים המוזכרים: המַעְיַ֣ן מסמל את השפע הגשמי ואת נוכחות השכינה שזורמים אל העולם מאליהם וללא מאמץ, בעוד שהבְּאֵ֖ר מסמלת את השפע הרוחני, החכמה וחיי הנצח. כשם שמים מן הבאר אינם נובעים מעצמם אלא דורשים שאיבה וטרחה באמצעות חבל ודלי, כך גם השגת הקדושה והתורה דורשת יגיעה, בחירה ועבודה עצמית מצד האדם [מלבי"ם, אלשיך]. מקורם של מים רוחניים אלו הוא מן הלְבָנֽוֹן, המסמל את העולמות העליונים, המקדש השמימי ומקום מחצבתן של הנשמות הטהורות [צרור המור, מלבי"ם, אלשיך]. גישה נוספת רואה במקור המים הטהור משל לכנסת ישראל, ששורשיה נטועים באבות ואמהות צדיקים, ולכן אך טבעי וראוי שצאצאיה יהיו מלאים בחכמה ובמידות טובות [מצודת דוד].
הפרשנים קושרים את הפסוק באופן הדוק ללימוד התורה. הבְּאֵ֖ר רומזת לתורה עצמה, שכן המילה "באר" על הטיותיה מופיעה בתורה ארבעים ושמונה פעמים, כנגד ארבעים ושמונה המידות שבהן התורה נקנית. תהליך הלימוד המשותף משתקף במילים וְנֹזְלִ֖ים מִן־לְבָנֽוֹן – זהו תיאור של חבורת תלמידי חכמים המבררים יחד את ההלכה: כל חכם "מזיל" ומוסיף מעט סברא וטעם משלו, עד שההלכה יוצאת זכה, נקייה וברורה כשלג הלבנון [תורה תמימה].
לצד אלו, המַעְיַ֣ן מתפרש גם כרמז לטהרתן של בנות ישראל הטובלות במי מקווה נקיים [רש"י, אבן עזרא]. לבסוף, בשל הקישור העמוק של באר המים לשלום ולתורה, אדם הרואה בְּאֵ֖ר בחלומו זוכה לסימן טוב, ומומלץ לו להשכים מיד עם יקיצתו ולומר את הפסוק הזה, כדי לפתור ולעגן את חלומו לטובה ולברכה [תורה תמימה].