קשר האהבה בין הדוד והרעיה מתואר מבעד להבטחה לנוכחות מתמדת, גם כאשר תנאי הזמן והמקום משתנים. הדוד מבטיח לרעייתו כי למרות פרידה זמנית, הוא ימצא מקום משכן קבוע וריחני שבו יוכלו להתאחד מחדש.
ברובד הפשט, הדוד אומר לרעייתו כי עַד שֶׁיָּפוּחַ הַיּוֹם, כלומר עד שתזרח ותתפשט החמה או עד שתנשב רוח היום, וְנָסוּ הַצְּלָלִים, ביטוי המכוון לשעות הצהריים החמות או לעת הערב שבה צללי העצמים מתארכים ונעלמים, הוא ייצא לזמן קצר [ביאור שטיינזלץ, מצודת דוד, רש"י, מצודת ציון]. בינתיים, הוא ילך אֶל־הַר הַמּוֹר וְאֶל־גִּבְעַת הַלְּבוֹנָה, אזורים שבהם צומחים מיני בשמים המפיצים אוויר נעים, ושם ישהה עד שובו [ביאור שטיינזלץ, מצודת ציון].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים רואה בפסוק זה אלגוריה להשראת השכינה בבית המקדש. לאחר תקופות של קשר רוחני ונבואי לא קבוע, ה׳ מבטיח להשרות את שכינתו באופן תמידי במקום שבו מקטירים את סממני הקטורת [מצודת דוד, מלבי"ם]. המעבר מתואר כהסתלקות ממקומות זמניים אל משכן קבוע: כאשר חטאו ישראל בימי עלי, חופני ופנחס, ה׳ עזב את משכן שילה ובחר להשרות את שכינתו בהר המוריה, הוא בית העולמים [רש"י, שפתי חכמים]. תהליך זה הושלם בימי דוד ושלמה, כאשר הוסרו המכשולים הרוחניים והוקם בית המקדש בהר הבית [ספורנו, עזרא בן שלמה].
במסגרת הפירוש על המקדש, הַמּוֹר והלְּבוֹנָה מייצגים את עבודת הקרבנות המאפשרת את החיבור בין החומר לרוח. הַר הַמּוֹר מרמז לקרבנות מן החי ולדם הנזרק על המזבח, שכן המור הוא בושם המופק מן החי, ואילו גִּבְעַת הַלְּבוֹנָה מסמלת את המנחות והנסכים הבאים מן הצומח, שמעלתם נמוכה יותר ולכן נמשלו לגבעה הקטנה מן ההר [מלבי"ם].
כיוון פרשני נוסף קושר את הפסוק לזכות האבות, המהווים מגן רוחני לישראל. הַר הַמּוֹר מסמל את אברהם אבינו, שהוא ראש לכל הצדיקים כשם שהמור הוא ראש לבשמי הקטורת. אברהם נמשל למור גם משום שניסה אותו ה׳ באש, וכשם שבושם מפיץ ריח כשהוא עולה באש, כך התפרסמה צדקתו בעולם. גִּבְעַת הַלְּבוֹנָה רומזת ליצחק אבינו, שנעקד ומוכן היה להיות מוקרב על גבי המזבח כקומץ של לבונה [תורה תמימה, חומת אנך]. זכות נוספת הנרמזת כאן היא ברית המילה של אברהם ושל בני ישראל בימי יהושע; בשר הערלה נערם כגבעה, וריחו עלה לפני ה׳ כריח קטורת ומנחת לבונה, המהפך את מידת הדין לרחמים [תורה תמימה].
גישה אחרת רואה בפסוק הבטחה לגאולת מצרים ולמעמד הר סיני. ה׳ מבטיח לישראל כי עוד בטרם יסתיים שעבוד מצרים במלואו, הוא יגאל אותם. הַר הַמּוֹר הוא הר סיני, שבו ניתנה התורה שפעולתה כקטורת מור המבריחה רוחות רעות ומפסיקה את טומאתם של ישראל. גִּבְעַת הַלְּבוֹנָה מסמלת את הלבנת עוונותיהם של ישראל וטיהורם [צרור המור, אלשיך].
לבסוף, מזווית פילוסופית, הפסוק מתאר את שכלו של האדם המבקש להסיר מעליו את חשכת הסכלות. כאשר מתחיל להאיר אור ההבנה, השכל פונה אל חקר הטבע, הנמשל להַר הַמּוֹר, כשלב הכרחי בדרך להשגת שלמות רוחנית [רלב"ג].