הסתלקותו של גדול הנביאים עטופה בסוד מוחלט. התורה מציגה פרדוקס מרתק: מחד גיסא, היא מספקת תיאור גיאוגרפי מפורט של אזור הקבורה, אך מאידך גיסא, היא קובעת נחרצות כי נקודת הציון המדויקת תישאר תעלומה נצחית. סתירה זו נועדה להדגיש את אופייה הפלאי והעל־טבעי של פרידת משה מן העולם.
סביב המילים וַיִּקְבֹּר אֹתוֹ עולה השאלה מי עסק בקבורתו של משה. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שה' בכבודו ובעצמו קבר אותו. מעשה זה מהווה את הביטוי העליון למידת גמילות החסדים של בורא עולם, ומלמד שהתורה כולה עטופה בחסד – מתחילתה, כשה' הלביש את אדם וחוה, ועד סופה, בקבורת משה [תורה תמימה, בכור שור, רש"ר הירש]. התערבות אלוהית זו נתפסת גם כגמול של "מידה כנגד מידה": משה זכה שה' יתעסק בקבורתו משום שהוא עצמו טרח והתעסק בקבורת עצמותיו של יוסף [תורה תמימה, רא"ש].
מנגד, קיימת גישה ולפיה משה קבר את עצמו. על פי פירוש זה, משה נכנס בעצמו אל המערה ושם נפטר, כאשר נשמתו הנבדלת היא זו שביצעה את פעולת הקבורה [רש"י, אבן עזרא, ספורנו, תולדות יצחק, רש"ר הירש]. דעה נוספת מתארת קבורה ניסית לחלוטין, שבה האדמה נפתחה מעצמה, קלטה את משה אל תוכה ונסגרה [רבנו בחיי, תולדות יצחק, שד"ל].
התורה מציינת את מיקום הקבורה בַגַּי֙, מונח המפורש כחפירה עמוקה [נתינה לגר] או כשיפוליו התחתונים של ההר [העמק דבר]. הבחירה לקבור את משה דווקא בְּאֶ֣רֶץ מוֹאָ֔ב, מחוץ לגבולות ארץ ישראל, נועדה להעניק תקווה לדור המדבר ולכלל מתי הגולה. הימצאותו של משה שם מבטיחה שגם מי שנקבר מחוץ לארץ ישראל יזכה לקום בתחיית המתים בזכותו [רא"ש, צרור המור, שפתי כהן].
המיקום המדויק, מ֖וּל בֵּ֣ית פְּע֑וֹר, אינו מקרי. הפרשנים מסכימים כי קברו של משה הוכן באותו מקום עוד מששת ימי בראשית, כדי לכפר על החטא החמור של בני ישראל בעבודה הזרה "בעל פעור" [רש"י, מזרחי, גור אריה, תורה תמימה]. נוכחותו של משה שם מחלישה את כוחו של המקטרג ובולמת את טענותיו נגד ישראל [רבנו בחיי, העמק דבר, צרור המור]. לשאלה כיצד ייתכן שקבר כה קדוש ימוקם מול עבודה זרה, משיבים הפרשנים כי המקום הוקדש לקבורת משה עוד בטרם הציבו הגויים את האליל במקום, כך שהקדושה קדמה לטומאה [משכיל לדוד, חנוכת התורה].
אף על פי שהתורה מספקת שלושה סימני היכר גיאוגרפיים, היא מצהירה וְלֹא־יָדַ֥ע אִישׁ֙ אֶת־קְבֻ֣רָת֔וֹ – את מקום קבורתו. ריבוי הסימנים לצד חוסר הידיעה מעצים את גודל הפלא [בכור שור, חזקוני, ביאור שטיינזלץ, תורה תמימה]. ההעלמה המוחלטת של הקבר, עד כדי כך שאפילו משה עצמו אינו יודע היכן הוא קבור [קיצור בעל הטורים, תורה תמימה], נובעת מכמה סיבות מרכזיות:
ראשית, כדי למנוע סכנה של עבודה זרה. אילו מקום הקבר היה ידוע, הדורות הבאים עלולים היו להפוך אותו לאתר פולחן ולעבוד את משה כאלוהים, כפי שקרה עם נחש הנחושת [רלב"ג, ביאור יש"ר, רש"ר הירש].
שנית, גופו של משה הזדכך כל כך בחייו, עד שהפך לרוחני וכמעט מלאכי. משום כך, הוא לא היה נתון לריקבון ככל האדם, ושום אדם לא היה ראוי או רשאי לגעת בגופו הקדוש [ביאור יש"ר, צרור המור, שפתי כהן, חנוכת התורה]. קברו גם הוסתר במקום קדוש שהעין האנושית כלל אינה מסוגלת לשלוט בו [פענח רזא].
טעם נוסף ומרגש להסתרת הקבר הוא הרצון למנוע ממשה לבטל גזירות. ה' צפה שעתיד בית המקדש להיחרב וישראל יגלו מארצם. אילו קברו של משה היה גלוי, עם ישראל היה נוהר אליו בבכייה, ומשה, שאהבתו לעמו עזה ממוות, היה עומד בתפילה ומבטל את גזירת החורבן [תורה תמימה]. כמו כן, ההסתרה נועדה להבטיח שאיש לא ייקבר לצידו ושלא ידרשו בו אל המתים [חזקוני].
סיום הפסוק במילים עַ֖ד הַיּ֥וֹם הַזֶּֽה׃ מעורר מחלוקת פרשנית מרתקת. יש הסבורים כי מילים אלו נכתבו על ידי יהושע בן נון באחרית ימיו [אבן עזרא]. אולם, גישה זו נדחית בתוקף על ידי פרשנים אחרים, הרואים בה סכנה לאמונת שלמות התורה. לשיטתם, הפסוק כולו, כיתר התורה, נכתב על ידי משה עצמו מפי הגבורה, כשהוא כותב את המילים הללו בדמעות [אור החיים]. מילים אלו אינן מציינות רק נקודת זמן מאוחרת, אלא מבטאות קיום והתמדה נצחית – הקבר יישאר נסתר לעולמי עולמים, כסוד שלא יפוענח לעולם [אם למקרא].