השבת אינה רק יום מנוחה, אלא עדות נצחית וסמל לברית העמוקה שבין ה׳ לעמו, המעידה על בריאת העולם. הפסוק שלפנינו חותם את הציווי על השבת ומעניק לו משמעות רוחנית והיסטורית רחבה.
המילים בֵּינִי וּבֵין בְּנֵי יִשְׂרָאֵל מצביעות על קשר בלעדי וייחודי. הפרשנים מסכימים כי השבת היא מתנה שניתנה לישראל בצנעה. אף על פי שעשרת הדיברות נאמרו בפומבי לעיני כול, המשמעות הפנימית של השבת והשכר העצום הטמון בה נותרו כסוד נסתר בין ה׳ לעמו, כדי שלא לעורר את קנאת האומות [רבנו בחיי, תורה תמימה]. קשר זה נמשל לשיחה פרטית בין מלך למלכה, ולכן אומות העולם אינן מצוות על שמירת השבת, והיא נותרה נחלתם הבלעדית של ישראל [רקנאטי, תורה תמימה].
ההכרזה כי השבת היא אוֹת הִוא לְעֹלָם מהווה הבטחה היסטורית. זהו סימן שלא יתבטל לעולם, שכן עם ישראל מסר את נפשו על שמירת השבת לאורך הדורות, ובזכות מסירות זו היא נשמרה בידם [תורה תמימה, מלבי"ם]. מעבר לכך, כאשר אומות העולם רואות את הקפדתם של ישראל על שביתה ממלאכה, השבת הופכת לאות עבור העולם כולו המעיד על ייחודם של ישראל ומרבה את כבוד ה׳ בארץ [העמק דבר]. עצם שמירת השבת היא הצהרת אמונה, ומי שעושה מלאכה ביום זה כמוהו כמכחיש את מעשה בראשית [אבן עזרא].
הפסוק מציין כי שֵׁשֶׁת יָמִים עָשָׂה ה׳ אֶת הַשָּׁמַיִם וְאֶת הָאָרֶץ. מעניין לציין כי הים לא הוזכר כאן, בניגוד לנוסח עשרת הדיברות. הסיבה לכך היא שהאות צריך להיות דבר הניכר לעין, ובמים אין רישום או סימן הניכר באופן קבוע [פענח רזא].
החלק החותם את הפסוק, וּבַיּוֹם הַשְּׁבִיעִי שָׁבַת וַיִּנָּפַשׁ, מעורר שאלה תיאולוגית עמוקה: כיצד ניתן לייחס עייפות או צורך במנוחה לה׳, שאינו מתעייף לעולם? הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהתורה דיברה בלשון בני אדם כדי להקל על הבנתנו, והשתמשה במושג של השבת הנשימה לאחר מאמץ כדי להמחיש את סיום תהליך הבריאה [רש"י, אבן עזרא, רלב"ג].
עם זאת, ישנם פרשנים המעמיקים במשמעות המילה וַיִּנָּפַשׁ. גישה אחת מסבירה כי מדובר בשמחת הנפש ונחת הרוח של היוצר, שכאשר הוא רואה את מלאכתו מושלמת בדיוק כפי שרצה, הוא שואב מכך סיפוק [ביאור יש"ר]. גישה אחרת מציעה כי ה׳ שבת מהנהגת העולם על פי חוקי הטבע הקבועים, שהם כביכול בניגוד לטבעו החופשי והמוחלט, ושב אל מהותו הפנימית והנהגתו באמצעות השגחה, דין ונס [מלבי"ם, רש"ר הירש].
מנגד, יש המפרשים כי המילים שָׁבַת וַיִּנָּפַשׁ אינן מתייחסות כלל לבורא, אלא לבריאה עצמה. ביום השביעי פסק תהליך הוצאת הדברים מן הכוח אל הפועל, והנבראים הגיעו לשלמותם הסופית כאשר קיבלו את כוח ההולדה והקיום הנצחי, ובכך נעשו בעלי יכולת קיום, או במילים אחרות, קיבלו נפש [הכתב והקבלה, העמק דבר]. שלמות זו של יום השבת משפיעה גם על האדם, שביום זה זוכה לקבל נשמה יתירה. תוספת רוחנית זו מעניקה לו רוחב לב, מנוחה, והכנה להשיג את ייעודו בשלמות [ספורנו, תורה תמימה].
לבסוף, סמיכות פסוק זה להמשך העוסק בנתינת לוחות הברית למשה, מרמזת כי התורה ניתנה לישראל ביום השבת, וכי הלוחות עצמם נבראו באותה שעת בין השמשות שבה ירדו המנוחה והקדושה לעולם [קיצור בעל הטורים, חתם סופר]. המנוחה בשבת מאפשרת לישראל להשתתף עם ה׳ בשביתתו, ובכך לקיים את הברית הלכה למעשה [ביאור שטיינזלץ].