הציווי האלוהי על ביצוע הדין מתחיל במקום המקודש ביותר, תוך השהיה מכוונת של הלכות טומאה וטהרה. ה' מורה למשחיתים טַמְּאוּ אֶת הַבַּיִת וכן וּמַלְאוּ אֶת הַחֲצֵרוֹת חֲלָלִים, כלומר להשאיר את ההרוגים במקומם מבלי לחשוש מטומאת המקדש [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. הסיבה לכך היא בבחינת מידה כנגד מידה: מכיוון שהעם טמא תחילה את המקדש בעבודה זרה, מותר כעת לטמא אותו בחללים [רד"ק]. המילה הַחֲצֵרוֹת מכוונת לכלל מתחם המקדש, הכולל את עזרת האנשים, עזרת הנשים והר הבית [רד"ק].
מבחינה דקדוקית, הפרשנים מעירים על המילה וּמַלְאוּ כי היא משמשת כלשון ציווי בבניין פיעל (הדגוש), אף על פי שהאות למ"ד מופיעה בה ללא דגש בניגוד למקובל [מנחת שי, רד"ק].
לאחר הפעולה במקדש נאמר צֵאוּ וְיָצְאוּ וְהִכּוּ בָעִיר. הפורענות מתקדמת במסלול ברור מן הפנים אל החוץ. רק לאחר שהכו את האנשים בחצרות המקדש, המשחיתים יוצאים ומכים בשאר העיר [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. סדר זה משקף גם את המציאות החברתית באותה עת: המרד החל סביב המקדש, ולכן גם ההריגה ההדדית מתחילה בחצרותיו, ומשם מתפשטת אל העיר כולה כאשר איש הורג את אחיו [מלבי"ם].