זעקת השבר של העם בעת צרה חושפת את מורכבות הקשר בינו לבין בוראו, ומעוררת שאלה האם מדובר בחרטה כנה, בהחמצה של הרגע הנכון או בטענה לזכויות עבר.
מבחינה תחבירית, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שסדר המילים בפסוק הפוך. המילה יִשְׂרָאֵל המופיעה בסוף הפסוק היא למעשה נושא המשפט, והמשמעות הרציפה היא: "ישראל יזעקו אלי: אלוהי ידענוך" [אבן עזרא, רד"ק, מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ].
באשר למהות הזעקה לִי יִזְעָקוּ, הפרשנים נחלקים לגבי כוונתה ותזמונה. יש המפרשים כי הזעקה תתרחש כאשר תבוא על העם הרעה, ואז הם יפנו אל ה' ויזכירו לו שהם עמו [רש"י], או מתוך הכרה והבנה שהעונש והצרה באו מאיתו בהשגחה מדויקת על כך שפשעו בו [מלבי"ם]. לעומת זאת, פרשנים אחרים סבורים כי הפסוק אינו מתאר את מה שקרה בפועל, אלא את מה שהיה ראוי שיקרה: בעת צרתם, היה על ישראל לזעוק אל ה' ולהכיר בו כמשגיח, חומל והמושיע הבלעדי, אך הם לא עשו זאת [מצודת דוד, רד"ק].
ההכרזה אֱלֹהַי יְדַעֲנוּךָ זוכה למספר העמקויות. לצד ההבנה הפשוטה של הכרה בה' כמושיע, יש המפרשים זאת כניסיון הצדקה עצמית מתוחכם של העם: הם מצהירים כי מצד השכל וההבנה הם אכן יודעים את ה', אך יצר הרע הוא שאונס אותם לחטוא, ולכן הם רואים עצמם פטורים מאשמה [חומת אנך].
מול הגישות הרואות בפסוק תוכחה או תיאור של זעקה מאוחרת מדי, מוצגת קריאה היסטורית שונה הממקמת את הפסוק בימי פלישת סנחריב מלך אשור [אברבנאל]. לפי פירוש זה, הפסוק אינו עוסק בממלכת ישראל החוטאת, אלא דווקא באנשי ממלכת יהודה וירושלים. בניגוד לעשרת השבטים שבשומרון אשר עזבו את ה' ולא זעקו אליו, בני יהודה זעקו אליו באמת. הם הכריזו "אלוהי ידענוך" – כלומר, אנו לא נטשנו אותך כשם שעשו בממלכת ישראל – וטענו כי הם אלו שראויים לשאת את השם והמהות של יִשְׂרָאֵל. בזכות זעקה כנה זו של בני יהודה, חס עליהם ה' וירושלים ניצלה, בעוד שומרון חרבה וישביה גלו.