לאחר הניצחון בשדה הקרב, השלל היקר ביותר של הפלשתים נלקח אל ערי הפלשתים. המעבר הפיזי של ארון הברית מסמל לא רק ניצחון צבאי, אלא גם תפיסה תיאולוגית של העמים הקדומים לגבי מאבק בין אלוהויות.
הארון נלקח מאבן העזר, המקום שבו חנה מחנה ישראל, אל אשדודה, העיר אשדוד שהייתה אחת מערי הפלשתים הגדולות והחשובות [ביאור שטיינזלץ]. מבחינה סגנונית, ישנה כפילות בכתוב, שכן גם הפסוק הבא מיד חוזר על הלשון "ויקחו פלשתים את ארון האלהים" [מלבי"ם].
הפלשתים לא הסתפקו רק בהבאת הארון לעירם, אלא הכניסו אותו לבית העבודה הזרה שלהם, והניחו אותו בסמוך לפסל של אלוהיהם, דגון, שהיה בעל צורת אדם בחלקו העליון וצורת דג ממותניו ומטה [רלב"ג, אברבנאל]. המניע להצבת ארון ה' לצד דגון נתון במחלוקת: דעה אחת גורסת כי הפלשתים התכוונו לחלוק כבוד לארון מתוך תפיסה פגאנית שלפיה ראוי שאלוהים ישרה לצד אלוהים אחר. מנגד, דעה שנייה סבורה כי מטרתם הייתה השפלה, מתוך מחשבה שהאלוהים המנוצח צריך לשמש ולהשתעבד לאלוהים המנצח [אברבנאל].
עם זאת, ה' לא סבל את הצבת הארון בסמוך לעבודה זרה, וסיבב נס שבו פסל דגון נפל ארצה לפני הארון. לאחר שהאשדודים הקימו אותו מחדש מתוך מחשבה שמדובר במקרה, הפסל נפל שוב ביום המחרת, אך הפעם ראשו וכפות ידיו נכרתו על מפתן הבית, ורק גופו דמוי הדג נותר שלם. אירוע פלאי זה הותיר חותם עמוק על הפלשתים, והוליד מנהג שבו כהני דגון נמנעו מלדרוך על מפתן המקדש, שנחשב בעיניהם למקום קדוש בעקבות התקרית [אברבנאל].