זהותו של יָאִיר הַגִּלְעָדִי עומדת במוקד הדיון הפרשני, כאשר השאלה המרכזית היא האם מדובר ביאיר בן מנשה המוכר מתקופת משה רבנו. למרות דעה שסברה כי מדובר באותו אדם וכי הוא כלל לא שימש כשופט, הכתוב שולל זאת ומעיד עליו במפורש וַיִּשְׁפֹּט אֶת יִשְׂרָאֵל.
ההסכמה הרווחת היא כי יאיר השופט אינו יאיר בן מנשה המופיע בתורה, והפרשנים מציגים לכך מספר הוכחות: ראשית, מבחינה כרונולוגית, לו היה זה אותו אדם מתקופת המדבר, הרי שהיה עליו לחיות למעלה משלוש מאות שנה [רד"ק]. שנית, יאיר בן מנשה המופיע בחומש היה חשוך בנים, ואילו על יאיר השופט מסופר מיד בהמשך שהיו לו שלושים בנים [כלי יקר]. לבסוף, העובדה ששבטו של יאיר השופט אינו ידוע בוודאות, מוכיחה אף היא כי אין מדובר ביאיר בן מנשה שייחוסו השבטי מפורש וידוע [חומת אנך].